Reorganisering af øst
Selv om adelen fortsatte med at dominere det konsulære valg i de fleste år, lå de virkelige kilder til magt fremover uden for Italien. Ekstraordinære kommandoer skulle oprettes, hvis Rom skulle genvinde kontrollen over havet fra pirater. Det var Pompeius, der havde størst gavn af genoprettelsen af tribunikernes initiativ. Efter sit konsulat ventede han i Rom, mens rivaliserende adelsmænd underminerede Lucius Licinius Lucullus stilling, der kæmpede mod Mithradates i Anatolien, og gjorde halvhjertede forsøg på at håndtere piraterne. Endelig i 67 tvang tribunen Aulus Gabinius en regning gennem den populære forsamling, der gjorde det muligt for Pompeius at afvikle piratproblemet.
Pompeius var stadig i øst og genbosatte pirater som fredelige landmænd, da de i Rom var en anden tribune, Gaius Manilius gennemførte, mod svækket opposition, et lovforslag om udnævnelse af Pompey til kommandoen mod Mithradates med fuld magt til at skabe krig og fred og til at organisere hele det romerske øst (66). Pompeius fortrængte Lucullus og tabte ikke tid på at besejre Mithradates i Lilleasien. Efter Mithradates død i 63 var Pompey fri til at planlægge konsolidering af de østlige provinser og grænseriger. I 6.000 talenter oprettede han kong Tigranes i Armenien som en ven og allieret af Rom – og som sin egen protegé. Pompeius afviste den parthiske konges anmodning om at anerkende Eufrat som grænsen for romersk kontrol og udvidede den romerske kæde af protektorater til at omfatte Colchis ved Sortehavet og staterne syd for Kaukasus. I Anatolien oprettede han de nye provinser Bithynia-Pontus og Cilicia. Han annekterede Syrien og forlod Judæa som en afhængig, formindsket tempelstat. Organiseringen af øst er fortsat Pompejus største præstation. Hans sunde forståelse af de involverede geografiske og politiske faktorer gjorde det muligt for ham at indføre en samlet løsning, der skulle danne grundlaget for det defensive grænsesystem og skulle vare med få vigtige ændringer i mere end 500 år.
Pompejus magt og prestige var på sit højeste i december 62, da han landede ved Brundisium (Brindisi) og afskedigede hæren. Hans tredje sejr (61) basunerede storheden af hans præstation. Det følgende årti var perioden med hans opstigning i Italien, en stigning, der skulle udhules gennem Cæsars voksende militære magt og gradvis erobring af Pompejus verdensomspændende klientel fra magtbasen Caesar skabte igen i det nordlige Italien og Gallien. Pompeys uforstyrrede fjender i Rom var de optimater, adelenes indre ring, ikke Crassus eller Cæsar, der blot havde forsøgt at stjæle rampelyset i Pompejus fravær og at manøvrere i en bedre position til forhandlinger med deres tidligere politiske allierede. Adelsmændene havde i mellemtiden gradvis bekræftet deres dominans i Rom og hæmmet forsøg på at lindre Italiens og den romerske befolknings tilstand. Da han var tilbage i Italien, undgik Pompey at sidde med populære elementer mod Optimates. Han var ingen revolutionær. Han ønskede, at alle klasser skulle anerkende ham som første borger, tilgængelig for yderligere store tjenester til staten. Han havde skilt sig fra sin tredje kone, Mucia, angiveligt for utroskab med Cæsar og foreslog nu at alliere sig ved ægteskab med partiet for den unge senatorleder Marcus Porcius Cato den Yngre. Men adelsmændene lukkede deres rækker mod ham, og hans tilbud blev afvist. Lucullus og andre var fast besluttede på at forhindre en blok-ratificering af Pompeys østlige bosættelse og at afvise hans krav om jord til sine veteraner.