idän uudelleenorganisointi
Vaikka aatelisten oli määrä hallita konsulinvaaleja useimpien vuosien ajan, todelliset vallan lähteet olivat vastedes Italia. Ylimääräiset komennot olisi luotava, jos Rooma haluaisi palauttaa meren hallinnan merirosvoilta. Pompey hyötyi eniten tribunistisen aloitteen palauttamisesta. Konsulipalvelunsa jälkeen hän odotti Roomassa, kun kilpailevat aateliset heikensivät Anatoliassa Mithradatesia vastaan kampanjoineen Lucius Licinius Luculluksen asemaa ja yrittivät sydämestään käsitellä merirosvoja. Lopuksi, vuonna 67, tribuna Aulus Gabinius pakotti suositun yleiskokouksen kautta laskun, jolla Pompeius valtuutettiin ratkaisemaan merirosvojen ongelma.
Pompey oli edelleen idässä ja asetti merirosvot rauhanomaisiksi maanviljelijöiksi, kun Roomassa toinen tribune, Gaius Manilius toteutti heikentynyttä oppositiota vastaan lakiesityksen, jolla Pompeius nimitettiin Mithradatesia vastaan olevaan komentoon, jolla on täydet valtuudet sota ja rauha ja koko Rooman itäosan järjestämiseen (66). Pompeius syrjäytti Luculluksen eikä menettänyt aikaa kukistamalla Mithradatesia Vähä-Aasiassa. Mithradatesin kuoleman jälkeen vuonna 63 Pompey pystyi suunnittelemaan itäisten maakuntien ja rajavaltakuntien yhdistymisen. Hän perusti Armeniassa kuningas Tigranesin 6000 lahjakkuuden puolesta Rooman ystäväksi ja liittolaiseksi – ja omaksi suojelijaksi. Pompey hylkäsi Parthian kuninkaan pyynnön tunnustaa Eufrat Rooman valvonnan rajaksi ja laajensi Rooman protektoraatiketjua koskemaan Colchisia Mustalla merellä ja Kaukasuksen eteläpuolella olevia valtioita. Anatoliassa hän loi uudet maakunnat Bithynia-Pontus ja Kilikia. Hän liitti Syyrian ja jätti Juudean riippuvaiseksi, vähentyneeksi temppelivaltioksi. Idän organisointi on edelleen Pompeiusin suurin saavutus. Hänen hyvä arvostuksensa maantieteellisiin ja poliittisiin tekijöihin antoi hänelle mahdollisuuden määrätä yleissopimus, jonka oli tarkoitus muodostaa puolustavan rajajärjestelmän perusta ja joka kesti muutamilla tärkeillä muutoksilla yli 500 vuotta.
Pompeiusin voima ja arvostus olivat korkeimmillaan joulukuussa 62, kun hän laskeutui Brundisiumiin (Brindisi) ja erotti armeijan. Hänen kolmas voitonsa (61) trumpetti saavutuksensa loistoa. Seuraava vuosikymmen oli hänen nousunsa Italiassa, nousu, joka oli tarkoitus heikentää Caesarin kasvavan sotilaallisen voiman ja Pompeiusin maailmanlaajuisen asiakaskunnan asteittaisen vangitsemisen kautta Pohjois-Italiassa ja Galliassa perustetusta Caesarin voimakannasta. Pompeiusin vastustamattomat viholliset Roomassa olivat optimaatit, aatelisten sisärengas, ei Crassus tai Caesar, jotka olivat vain yrittäneet varastaa parrasvalot Pompeiusin poissa ollessa ja ohjautua parempaan asemaan neuvotellakseen entisen poliittisen liittolaisensa kanssa. Silloin aateliset olivat vähitellen vahvistaneet määräävää asemaansa Roomassa ja vaikeuttaneet yrityksiä lievittää Italian ja Rooman väestön tilannetta. Palattuaan takaisin Italiaan Pompey vältteli suosittujen elementtien haarautumista optimaatteja vastaan. Hän ei ollut vallankumouksellinen. Hän halusi, että kaikki luokat tunnustaisivat hänet ensimmäiseksi kansalaiseksi, joka oli saatavissa valtion laajempiin lisäpalveluihin. Hän oli eronnut kolmannesta vaimostaan, Muciasta, väitetysti aviorikosta Caesarin kanssa, ja ehdotti nyt liittoutumistaan avioliittoon nuoren senaattorijohtajan Marcus Porcius Cato Nuoremman puolueen kanssa. Mutta aateliset olivat sulkemassa rivejään häntä vastaan, ja hänen tarjouksensa hylättiin. Lucullus ja muut olivat päättäneet estää Pompeiusin itäisen siirtokunnan ratifioinnin kokonaisuudessaan ja hylätä hänen vaatimuksensa maasta veteraaneille.