Reorganizacja Wschodu
Chociaż szlachta miała nadal dominować w wyborach konsularnych przez większość lat, prawdziwe źródła władzy znajdowały się odtąd poza granicami Włochy. Należałoby stworzyć nadzwyczajne rozkazy, jeśli Rzym miałby odzyskać kontrolę nad morzem od piratów. To Pompejusz najbardziej skorzystał na przywróceniu inicjatywy trybunów. Po swoim konsulacie czekał w Rzymie, podczas gdy rywalizujący szlachcice podkopali pozycję Lucjusza Licyniusza Lukullusa, który prowadził kampanię przeciwko Mitradates w Anatolii, i podejmował bezinteresowne próby rozprawienia się z piratami. Wreszcie w 67 roku trybun Aulus Gabinius przeforsował ustawę przez zgromadzenie ludowe, upoważniającą Pompejusza do rozwiązania problemu piratów.
Pompejusz wciąż był na Wschodzie, przesiedlając piratów jako pokojowych rolników, kiedy w Rzymie inny trybun, Gajusz Maniliusz przeniósł wbrew osłabionej opozycji ustawę powołującą Pompejusza na dowództwo przeciw Mitradatesowi, z pełnymi uprawnieniami do prowadzenia wojny i pokoju oraz organizowania całego rzymskiego Wschodu (66). Pompejusz wyparł Lucullusa i nie tracił czasu pokonując Mithradates w Azji Mniejszej. Po śmierci Mitradatesa w 63 roku Pompejusz mógł swobodnie planować konsolidację wschodnich prowincji i przygranicznych królestw. Za 6000 talentów ustanowił króla Tigranesa w Armenii jako przyjaciela i sojusznika Rzymu – i swojego własnego protegowanego. Pompejusz odrzucił prośbę króla Partów o uznanie Eufratu za granicę rzymskiej kontroli i rozszerzył rzymski łańcuch protektoratów o Kolchidy nad Morzem Czarnym i państwa na południe od Kaukazu. W Anatolii stworzył nowe prowincje Bitynia-Ponty i Cylicja. Zaanektował Syrię i opuścił Judeę jako zależne, podupadłe państwo świątynne. Organizacja Wschodu pozostaje największym osiągnięciem Pompejusza. Jego solidna ocena uwarunkowań geograficznych i politycznych pozwoliła mu narzucić ogólne porozumienie, które miało stanowić podstawę obronnego systemu granic i miało przetrwać, z kilkoma ważnymi zmianami, przez ponad 500 lat.
Siła i prestiż Pompejusza osiągnęły szczyt w grudniu 62, kiedy wylądował w Brundisium (Brindisi) i zwolnił armię. Jego trzeci triumf (61) był wyrazem wielkości jego osiągnięcia. Następna dekada była okresem jego dominacji we Włoszech, przewagi, która miała zostać osłabiona przez rosnącą potęgę militarną Cezara i stopniowe zdobywanie światowych klienteli Pompejusza z bazy władzy Cezara utworzonej z kolei w północnych Włoszech i Galii. Zaciekłymi wrogami Pompejusza w Rzymie byli Optymaci, wewnętrzny krąg szlachty, a nie Krassus czy Cezar, którzy jedynie próbowali ukraść światło reflektorów podczas nieobecności Pompejusza i manewrować w lepszej pozycji do targowania się ze swoim byłym sojusznikiem politycznym. W międzyczasie szlachta stopniowo umacniała swoją dominację w Rzymie i utrudniała próby złagodzenia stanu Włoch i rzymskiej ludności. Po powrocie do Włoch Pompejusz uniknął oparcia się na popularnych elementach przeciwko Optimates. Nie był rewolucjonistą. Chciał, aby wszystkie klasy uznały go za pierwszego obywatela, dostępnego do dalszych zakrojonych na szeroką skalę usług dla państwa. Rozwiódł się ze swoją trzecią żoną, Mucią, rzekomo z powodu cudzołóstwa z Cezarem, a teraz zaproponował sprzymierzenie się przez małżeństwo z partią młodego przywódcy senatorskiego Marcusa Porciusa Cato Młodszego. Ale szlachta zwarła swoje szeregi przeciwko niemu, a jego oferta została odrzucona. Lucullus i inni byli zdeterminowani, aby zapobiec ratyfikacji en bloc wschodniej osady Pompejusza i odrzucić jego żądanie ziemi dla swoich weteranów.