Reorganisatie van het Oosten
Hoewel de edelen in de meeste jaren de consulaire verkiezingen zouden blijven domineren, lagen de echte machtsbronnen voortaan buiten de Italië. Er zouden buitengewone commandos moeten worden gecreëerd als Rome de controle over de zee van piraten zou terugkrijgen. Het was Pompeius die het meest profiteerde van het herstel van het tribunisch initiatief. Na zijn consulaat wachtte hij in Rome terwijl rivaliserende edelen de positie van Lucius Licinius Lucullus ondermijnden, die campagne voerde tegen Mithradates in Anatolië, en halfslachtige pogingen deed om met de piraten om te gaan. Uiteindelijk, in 67, dwong de tribune Aulus Gabinius een wetsvoorstel via de volksvergadering die Pompeius de macht gaf om het piratenprobleem op te lossen.
Pompeius was nog steeds in het Oosten en hervestigde piraten als vreedzame boeren, toen in Rome een andere tribune was Gaius Manilius voerde, tegen verzwakte oppositie, een wetsvoorstel in waarbij Pompeius werd benoemd tot bevelhebber tegen Mithradates, met volledige bevoegdheden om oorlog en vrede te voeren en het hele Romeinse Oosten te organiseren (66). Pompey verplaatste Lucullus en verloor geen tijd door Mithradates in Klein-Azië te verslaan. Na de dood van Mithradates in 63 was Pompeius vrij om de consolidatie van de oostelijke provincies en grenskoninkrijken te plannen. Voor 6000 talenten richtte hij koning Tigranes op in Armenië als vriend en bondgenoot van Rome – en als zijn eigen beschermeling. Pompeius verwierp het verzoek van de Parthische koning om de Eufraat te erkennen als de grens van de Romeinse controle en breidde de Romeinse keten van protectoraten uit met Colchis, aan de Zwarte Zee, en de staten ten zuiden van de Kaukasus. In Anatolië creëerde hij de nieuwe provincies Bithynia-Pontus en Cilicia. Hij annexeerde Syrië en verliet Judea als een afhankelijke, verminderde tempelstaat. De organisatie van het Oosten blijft de grootste prestatie van Pompeius. Zijn gedegen waardering voor de geografische en politieke factoren die erbij betrokken waren, stelde hem in staat een algemene regeling op te leggen die de basis zou vormen van het defensieve grenssysteem en, met enkele belangrijke veranderingen, meer dan 500 jaar zou duren.
Pompeius macht en prestige waren op hun hoogtepunt in december 62, toen hij landde in Brundisium (Brindisi) en het leger ontsloeg. Zijn derde triomf (61) trompette de grootsheid van zijn prestatie. Het volgende decennium was de periode van zijn overwicht in Italië, een overwicht dat zou worden uitgehold door de groeiende militaire macht van Caesar en de geleidelijke verovering van Pompeius wereldwijde clientèle, van de machtsbasis Caesar, op zijn beurt, gecreëerd in Noord-Italië en Gallië. Pompeius verstokte vijanden in Rome waren de Optimates, de binnenste kring van edelen, niet Crassus of Caesar, die alleen maar hadden geprobeerd de schijnwerpers te stelen in de afwezigheid van Pompeius en zich in een betere positie te manoeuvreren om te onderhandelen met hun voormalige politieke bondgenoot. De edelen hadden ondertussen geleidelijk hun dominantie in Rome bevestigd en belemmerden pogingen om de toestand van Italië en de Romeinse bevolking te verlichten. Eenmaal terug in Italië, vermeed Pompey zich met populaire elementen tegen de Optimates. Hij was geen revolutionair. Hij wilde dat alle klassen hem erkenden als eerste burger, beschikbaar voor verdere grootschalige diensten aan de staat. Hij was gescheiden van zijn derde vrouw, Mucia, naar verluidt wegens overspel met Caesar, en stelde nu voor om een bondgenootschap te sluiten met de partij van de jonge senatoriale leider Marcus Porcius Cato de Jonge. Maar de edelen sloten hun rijen tegen hem en zijn aanbod werd afgewezen. Lucullus en anderen waren vastbesloten de en bloc ratificatie van Pompeius oostelijke nederzetting te voorkomen en zijn eis om land voor zijn veteranen af te wijzen.