Omorganisering av øst
Selv om adelen skulle fortsette å dominere det konsulære valget i de fleste år, lå de virkelige kraftkildene fremover utenfor Italia. Ekstraordinære kommandoer måtte opprettes hvis Roma skulle gjenopprette kontrollen over havet fra pirater. Det var Pompey som hadde størst nytte av gjenopprettingen av tribuniansk initiativ. Etter konsulatet ventet han i Roma mens rivaliserende adelsmenn underminerte stillingen til Lucius Licinius Lucullus, som kjempet mot Mithradates i Anatolia, og gjorde halvhjertede forsøk på å takle piratene. Til slutt, i 67, tvang tribunen Aulus Gabinius et lovforslag gjennom den populære forsamlingen som ga Pompeius mulighet til å løse piratproblemet.
Pompeius var fortsatt i øst, og satte pirater tilbake som fredelige bønder, da i Roma en annen tribune, Gaius Manilius gjennomførte, mot svekket opposisjon, et lovforslag om utnevnelse av Pompey til kommandoen mot Mithradates, med full makt til å føre krig og fred og organisere hele det romerske østlandet (66). Pompeius fordrev Lucullus og tapte ikke tid på å beseire Mithradates i Lilleasia. Etter Mithradates død i 63, stod Pompey fritt til å planlegge konsolidering av de østlige provinsene og grensekongerikene. I 6000 talenter satte han opp kong Tigranes i Armenia som en venn og alliert av Roma – og som sin egen protegé. Pompeius avviste den partiske kongens forespørsel om å anerkjenne Eufrat som grensen for romersk kontroll og utvidet den romerske kjeden av protektorater til å omfatte Colchis, ved Svartehavet, og delstatene sør for Kaukasus. I Anatolia opprettet han de nye provinsene Bithynia-Pontus og Cilicia. Han annekterte Syria og forlot Judea som en avhengig, redusert tempelstat. Organiseringen av Østen er fortsatt Pompeius største prestasjon. Hans solide forståelse av de involverte geografiske og politiske faktorene gjorde det mulig for ham å innføre et samlet oppgjør som skulle danne grunnlaget for det defensive grensesystemet og skulle vare, med få viktige endringer, i mer enn 500 år.
Pompeys makt og prestisje var på sin høyeste i desember 62 da han landet ved Brundisium (Brindisi) og avskjediget hæren. Hans tredje triumf (61) basunerte storheten til prestasjonen hans. Det neste tiåret var perioden med hans opptredener i Italia, en overgang som skulle uthules gjennom Cæsars voksende militære makt og gradvis erobring av Pompeius verdensomspennende klientel, fra maktbasen Caesar, i sin tur opprettet i Nord-Italia og Gallia. Pompeius innbitt fiender i Roma var Optimates, den indre ringen til adelsmenn, ikke Crassus eller Caesar, som bare hadde forsøkt å stjele rampelyset i Pompeys fravær og å manøvrere til en bedre posisjon for forhandlinger med sin tidligere politiske allierte. I mellomtiden hadde adelen gradvis gjenopprettet sin dominans i Roma og hindret forsøk på å lindre tilstanden til Italia og den romerske befolkningen. Vel tilbake i Italia, unngikk Pompey å kaste seg med populære elementer mot Optimates. Han var ingen revolusjonerende. Han ønsket at alle klasser skulle anerkjenne ham som første borger, tilgjengelig for ytterligere store tjenester til staten. Han hadde skilt seg fra sin tredje kone, Mucia, angivelig for utroskap med Caesar, og foreslo nå å alliere seg ved ekteskap med partiet til den unge senatoriske lederen Marcus Porcius Cato den yngre. Men adelen stengte rekkene mot ham, og hans tilbud ble avvist. Lucullus og andre var fast bestemt på å forhindre en blok ratifisering av Pompeys østlige bosetning og å avvise hans krav om land til veteranene.