Reorganización de Oriente
Aunque los nobles continuarían dominando las elecciones consulares en la mayoría de los años, las verdaderas fuentes de poder en adelante se encontraban fuera de Italia. Tendrían que crearse comandos extraordinarios si Roma quería recuperar el control del mar de los piratas. Pompeyo fue el que más se benefició de la restauración de la iniciativa tribunicia. Después de su consulado, esperó en Roma mientras los nobles rivales socavaban la posición de Lucius Licinius Lucullus, que estaba haciendo campaña contra Mitrídates en Anatolia, e hizo intentos poco entusiastas para lidiar con los piratas. Finalmente, en el 67, el tribuno Aulus Gabinio impuso un proyecto de ley a través de la asamblea popular que autorizaba a Pompeyo a resolver el problema de los piratas.
Pompeyo todavía estaba en Oriente, reubicando a los piratas como agricultores pacíficos, cuando en Roma otro tribuno, Gayo Manilio, contra una oposición debilitada, aprobó un proyecto de ley que nombraba a Pompeyo al mando contra Mitrídates, con plenos poderes para hacer la guerra y la paz y organizar todo el Oriente romano (66). Pompeyo desplazó a Lucullus y no perdió tiempo para derrotar a Mitrídates en Asia Menor. Después de la muerte de Mitrídates en 63, Pompeyo quedó libre para planificar la consolidación de las provincias orientales y los reinos fronterizos. Por 6.000 talentos estableció al rey Tigranes en Armenia como amigo y aliado de Roma, y como su propio protegido. Pompeyo rechazó la solicitud del rey parto de reconocer el Éufrates como el límite del control romano y extendió la cadena romana de protectorados para incluir Colchis, en el Mar Negro, y los estados al sur del Cáucaso. En Anatolia, creó las nuevas provincias de Bitinia-Ponto y Cilicia. Anexó Siria y dejó a Judea como un estado dependiente del templo disminuido. La organización de Oriente sigue siendo el mayor logro de Pompeyo. Su sólida apreciación de los factores geográficos y políticos involucrados le permitió imponer un acuerdo general que constituiría la base del sistema de fronteras defensivas y que duraría, con pocos cambios importantes, más de 500 años.
El poder y el prestigio de Pompeyo estaban en su apogeo en diciembre del 62, cuando desembarcó en Brundisium (Brindisi) y destituyó al ejército. Su tercer triunfo (61) pregonó la grandeza de su logro. La década siguiente fue el período de su ascendencia en Italia, una ascendencia que se erosionaría a través del creciente poder militar de César y la captura gradual de las clientelas mundiales de Pompeyo, desde la base de poder que César, a su vez, creó en el norte de Italia y la Galia. Los enemigos empedernidos de Pompeyo en Roma eran los Optimates, el círculo interior de los nobles, no Craso o César, que simplemente habían tratado de robar el protagonismo en ausencia de Pompeyo y maniobrar en una mejor posición para negociar con su antiguo aliado político. Mientras tanto, los nobles habían reafirmado gradualmente su dominio en Roma y obstaculizado los intentos de aliviar la condición de Italia y la población romana. Una vez de regreso en Italia, Pompeyo evitó ponerse del lado de los elementos populares en contra de los Optimates. No fue un revolucionario. Quería que todas las clases lo reconocieran como primer ciudadano, disponible para más servicios a gran escala para el estado. Se había divorciado de su tercera esposa, Mucia, supuestamente por adulterio con César, y ahora proponía aliarse por matrimonio con el partido del joven líder senatorial Marco Porcio Catón el Joven. Pero los nobles estaban cerrando filas contra él, y su oferta fue rechazada. Lucullus y otros estaban decididos a evitar la ratificación en bloque del asentamiento oriental de Pompeyo y rechazar su demanda de tierras para sus veteranos.