Andlig uppvaknande
Det är den andra perioden av Ignatius liv, där han vände sig mot ett heligt liv, det är det mest kända. Efter behandling vid Pamplona transporterades han till Loyola i juni 1521. Där blev hans tillstånd så allvarligt att man en tid trodde att han skulle dö. När han befann sig i fara valde han att genomgå smärtsamma operationer för att korrigera misstag som gjordes när benet först sattes. Resultatet blev en rekonvalesens på många veckor, under vilken han läste ett Kristi liv och en bok om de heligas liv, den enda läsämnet som slottet gav. Han tillbringade också tid med att komma ihåg berättelser om krigets mod och tänka på en stor dam som han beundrade. I de tidiga stadierna av denna påtvingade läsning var hans uppmärksamhet inriktad på de heliga. Versionen av de heligas liv som han läste innehöll prologer till olika liv av en cisterciensermunk som uppfattade Guds tjänst som en helig ridderlighet. Denna livssyn rörde djupt och lockade Ignatius. Efter mycket eftertanke bestämde han sig för att imitera de heliga åtstramningar för att göra bot för sina synder.
I februari 1522 tog Ignatius farväl av sin familj och åkte till Montserrat, en pilgrimsfärd i nordöstra Spanien. Han tillbringade tre dagar i att bekänna syndarna under hela sitt liv, hängde sitt svärd och dolk nära statyn av Jungfru Maria som symboler för sina övergivna ambitioner och tillbringade i säckväv natten den 24 mars i bön. Nästa dag åkte han till Manresa, en stad 48 km (30 miles) från Barcelona, för att passera de avgörande månaderna av sin karriär, från 25 mars 1522 till mitten av februari 1523. Han levde som tiggare, åt och drack sparsamt. , gissade sig själv och en tid varken kammade eller trimmade håret och klippte inte naglarna. Dagligen deltog han i mässan och tillbringade sju timmar i bön, ofta i en grotta utanför Manresa.
Vistelsen i Manresa präglades av andliga prövningar liksom av glädje och inre ljus. Medan han satt en dag vid stranden av Cardoner River, ”började hans förståelse att öppna sig och utan att se någon syn förstod han och visste många saker, liksom andliga saker som saker i tron” (Autobiography, 30) Vid Manresa skissade han grunderna i sin lilla bok The Spiritual Exercises. Fram till slutet av sina studier i Paris (1535) fortsatte han med att göra några tillägg till den. Därefter skedde bara små förändringar tills påven Paul III godkände den 1548 De andliga övningarna är en handbok för andliga armar som innehåller ett viktigt och dynamiskt andligt system. Under sin livstid använde Ignatius den för att ge andliga retreater till andra, särskilt till sina anhängare. Häftet är verkligen en anpassning av evangelierna för sådana retreater.
Återstoden av den avgörande perioden ägnades åt en pilgrimsfärd till Jerusalem. Ignatius lämnade Barcelona i mars 1523 och, på väg genom Rom, Venedig och Cypern, nådde Jerusalem den 4 september. ave gillade att ha bosatt sig där permanent, men de franciskanska vårdnadshavarna för den latinska kyrkans helgedomar ville inte lyssna på denna plan. Efter att ha besökt Betanien, Oljeberget, Betlehem, Jordanfloden och Frestelseberget, lämnade Ignatius Palestina den 3 oktober och passerade genom Cypern och Venedig och nådde Barcelona i mars 1524.