Katedralens uppenbara formanarki döljer en begriplig plan med nio huvudkapell. Det höga tornet i tälttaket i mitten rymmer namnet Church of the Intercession of the Mother of God. De fyra största kupolerna toppar fyra åttkantiga tornkapell: Church of Sts Cyprian & Justina, Church of the Holy Trinity, Church of the Icon of St Nicholas the Miracle Worker, and the Church av Herrens inträde till Jerusalem. Slutligen finns det fyra mindre kapell däremellan. Varje kapell invigdes för att hedra en händelse eller strid i kampen mot Kazan.
Legenden säger att Ivan hade arkitekterna blindade så att de aldrig kunde bygga något jämförbart. Detta är dock en myt, eftersom uppgifter visar att de anställdes ett kvarts sekel senare (och fyra år efter Ivan död) för att lägga till ytterligare ett kapell i strukturen.
Kyrkan St Vasily, Välsignat, det nordöstra kapellet på 1: a våningen, innehåller den skyddade kryptan från sin namngivna helgon, en av de mest vördade i Moskva. Vasily (Basil) den välsignade var känd som en ”helig dår”, ibland gå naken och målmedvetet förödmjuka sig själv för Guds större ära. Han trodde att han skulle se och göra mirakel, och till och med Ivan the Terrible vördade och fruktade honom. Detta 10: e kapell – det enda på marknivå – tillkom 1588 efter helgonets död. Leta efter ikonen som visar St Vasily själv, med Röda torget och Kreml i bakgrunden.