Enligt Eunice Kennedy Shriver, när Rosemary återvände till USA från Storbritannien 1940, gick hon tillbaka; Shriver förklarade senare att Rosemary blev ”” allt mer irriterad och svår ”” vid 22 års ålder. Rosemary skulle ofta uppleva kramper och flyga i våldsamma ilska där hon skulle slå och skada andra under denna period. Efter att ha utvisats från ett sommarläger i västra Massachusetts och bara stannat några månader på en internatskola i Philadelphia, skickades Rosemary till en klosterskola i Washington, DC Rosemary började smyga ut ur klosterskolan på natten. Nunnorna vid klostret trodde att Rosemary skulle vara inblandad i män och att hon kunde drabbas av en sexuellt överförbar sjukdom eller bli gravid. Hennes ibland oregelbundna beteende frustrerade hennes föräldrar; hennes far var särskilt orolig för att Rosemarys beteende skulle skämma och skämma familjen och skada hans och hans barns politiska karriär.
När Rosemary var 23 år sa läkare till sin far att en form av psykokirurgi, så kallad lobotomi, skulle hjälpa till att lugna hennes humörsvängningar och stoppa hennes tillfälliga våldsamma utbrott. Joseph Kennedy bestämde att Rosemary skulle ha en lobotomi; emellertid informerade han inte sin fru om detta beslut förrän efter att förfarandet var avslutat. Förfarandet ägde rum i november 1941. James W. Watts, som utförde proceduren med Walter Freeman (båda vid George Washington University School of Medicine), beskrev proceduren för författaren Ronald Kessler enligt följande:
Vi gick igenom toppen av huvudet, jag tror att Rosemary var vaken. Hon hade en mild lugnande medel. Jag gjorde ett kirurgiskt snitt i hjärnan genom skallen. Det var nära fronten. Det var på båda sidor. Vi gjorde bara ett litet snitt, inte mer än en tum. ”Instrumentet som Dr Watts använde såg ut som en smörkniv. Han svängde upp och ner för att skära hjärnvävnad.” Vi satte in ett instrument inuti ”, sa han. Som Dr. Watts klippte, ställde Dr. Freeman Rosemary några frågor. Till exempel bad han henne att recitera Herrens bön eller sjunga ”God Bless America” eller räkna bakåt. ”Vi gjorde en uppskattning av hur långt vi skulle klippa utifrån hur hon svarade.” När Rosemary började bli osammanhängande slutade de.
Dr. Watts berättade för Kessler att enligt hans åsikt hade Rosemary inte drabbats av mental retardation utan snarare av en form av depression. En genomgång av alla papper skrivna av de två läkarna bekräftade Dr. Watts ”förklaring. Alla patienter som de två läkarna lobotomiserades diagnostiserades med någon form av psykisk störning. Dr Bertram S. Brown, chef för National Institute of Psykisk hälsa som tidigare var assistent för president Kennedy, berättade för Kessler att Joe Kennedy hänvisade till sin dotter Rosemary som mentalt fördröjd snarare än psykiskt sjuk för att skydda Johns rykte för presidentval och att familjens brist på stöd för psykisk sjukdom är en del av ett livslångt familjeförnekande av vad som egentligen var så. ”.
Det blev snabbt uppenbart att förfarandet inte hade lyckats. Kennedys mentala förmåga minskade till tvåårig gammalt barn. Hon kunde inte gå eller prata förståeligt och var inkontinent.
AftermathEdit
Efter lobotomin institutionerades Rosemary omedelbart. Hon bodde ursprungligen i flera år på Craig House, ett privat psykiatriskt sjukhus en timme och trettio minuter norr om New York City. 1949 flyttades hon till Jefferson, Wisconsin, där hon bodde resten av sitt liv på grund av St. Coletta School for Exceptional Children (tidigare känt som ”St. Coletta Institute for Backward Youth”). Ärkebiskop Richard Cushing hade berättat för sin far om St. Coletta, en institution för mer än tre hundra personer med funktionsnedsättning, och hennes far reste till och byggde ett privat hus åt henne ungefär en mil utanför St. Colettas huvudcampus nära Alverno House, som var designat för vuxna som behövde livslång vård. Nunnorna kallade huset ”Kennedystugan”. Två katolska nunnor, syster Margaret Ann och syster Leona, gav henne vård tillsammans med en student och en kvinna som arbetade med keramik med Rosemary tre nätter i veckan. Rosemary hade en bil som kunde användas för att åka på henne och en hund som hon kunde gå på promenader.
Som svar på hennes tillstånd skilde Rosemarys föräldrar henne från sin familj. Rose Kennedy gjorde inte besök henne i 20 år. Joseph P. Kennedy Sr. besökte inte sin dotter vid institutionen. I Rosemary: The Hidden Kennedy Daughter, författaren Kate Clifford Larson uppgav att Rosemarys lobotomi var dold för familjen i tjugo år; ingen av hennes syskon visste var hon befann sig. Medan hennes äldre bror John kämpade för omval till senaten 1958, förklarade Kennedy-familjen bort hennes frånvaro genom att hävda att hon var tillbakadragen.Familjen Kennedy förklarade inte offentligt hennes frånvaro förrän 1961, efter att John hade valts till president. Kennedysna avslöjade inte att hon var institutionaliserad på grund av en misslyckad lobotomi, utan sa istället att hon ansågs ”mentalt retarderad”. År 1961, efter att Joseph P. Kennedy, led en stroke som gjorde att han inte kunde tala, blev Rosemarys syskon medvetna om hennes plats. Hennes lobotomi blev inte allmän kunskap förrän 1987.