Cromwell i parlamentet
Cromwell hade redan blivit känd i parlamentet 1628–29 som en eldig och något otrevlig puritaner, som hade inlett en attack mot Charles I biskopar. Han trodde att den enskilda kristna kunde upprätta direktkontakt med Gud genom bön och att prästerskapets huvudsakliga uppgift var att inspirera lekarna genom att predika. Således hade han bidragit ur sin egen ficka till stödet av resande protestantiska predikanter eller ”föreläsare” och öppet visat sin motvilja mot sin lokala biskop vid Ely, en ledare för High Church-partiet, som stod för vikten av rituell och biskoplig auktoritet. Han kritiserade biskopen i Underhuset och utsågs till ledamot i en kommitté för att utreda andra klagomål mot honom. Cromwell misstro faktiskt hela hierarkin i Church of England, även om han aldrig var emot en statskyrka. Han förespråkade därför att avskaffa biskopsinstitutionen och förbjuda en bestämd ritual som föreskrivs i The Book of Common Prayer. Han ansåg att kristna församlingar borde få välja sina egna ministrar, som skulle tjäna dem genom predikande och extemporan bön.
Cromwells val till Parlamenten från 1640 (se korta parlamentet; det långa parlamentet) för stadsdelen Cambridge var verkligen resultatet av nära förbindelser mellan sig själv och radikala puritaner i kommunfullmäktige. I parlamentet stärkte han sitt rykte som en religiös hothead genom att främja en radikal reform. I själva verket var han för frispråkig för oppositionsledarna, som slutade använda honom som deras talare efter det långa parlamentets första månader.
Trots att Cromwell delade sina medmedlemmars klagomål över skatter, monopol och andra bördor som ålagts folket, var det hans religion som först förde honom i opposition till kungens regering. När John Pym och hans vänner i november 1641 överlämnade till kung Charles I en ”Grand Remonstrance”, bestående av över 200 klausuler, varav en som censurerade biskoparna ”och den korrupta delen av prästerskapet, som uppskattar formalitet och vidskepelse” till stöd. av deras egna ”kyrkliga tyranni och usurpation”, förklarade Cromwell att om det inte hade passerats av underhuset skulle han ha sålt allt han hade ”nästa morgon och aldrig sett England mer.”
Remonstransen accepterades inte av kungen, och klyftan mellan honom och hans ledande kritiker i Underhuset utvidgades. En månad senare försökte Charles förgäves att arrestera fem av dem för förräderi: Cromwell var ännu inte tillräckligt framträdande för att vara bland dessa. Men när kungen 1642 lämnade London för att höja en armé och händelserna drevs mot inbördeskrig började Cromwell att utmärka sig inte bara som en frispråkig puritan utan också som en praktisk man som kan organisera och leda. I juli fick han tillstånd från underhuset att låta sin valkrets i Cambridge bilda och beväpna företag för dess försvar. I augusti reste han själv till Cambridge för att förhindra att högskolorna skickade sin tallrik för att smälta till förmån för kungen , och så snart kriget började anställde han en kavalleritrupp i sin födelseplats Huntingdon. Som kapten gjorde han sitt första framträdande med sin trupp i slutskedet av slaget vid Edgehill (23 oktober 1642) där Robert Devereux, tredje jarlen i Essex, var överbefälhavare för parlamentet i krigets första stora tävling.