Nonsyndrom holoprosencephaly är en abnormitet i hjärnans 
utveckling som också påverkar huvud och ansikte. Normalt delar hjärnan upp i två halvor (halvklot ) under tidig utveckling. Holoprosencefali uppstår när hjärnan inte delar sig ordentligt i höger och vänster halvklot. Detta tillstånd kallas icke-syndromiskt för att skilja det från andra typer av holoprosencefali orsakade av genetiska syndrom, kromosomavvikelser eller ämnen som orsakar fosterskador (teratogener). Allvarlighetsgraden av icke-syndromisk holoprosencefali varierar mycket mellan drabbade individer, även inom samma familj.
Icke-syndrom holoprosensefali kan grupperas i fyra typer beroende på graden av hjärndelning. Från det mest till det minst allvarliga är typerna kända som alobar , semi-lobar , lobar , och mellersta interhemisfäriska variant (MIHV). I de allvarligaste formerna av icke-syndromisk holoprosencefali delar hjärnan inte alls. Dessa drabbade individer har ett centralt öga (cyklopia) och en tubformad nässtruktur (snabel) ovanför ögat. De flesta barn med svår icke-syndromisk holoprosencefali dör före födseln eller strax efter. I de mindre allvarliga formerna är hjärnan delvis uppdelad och ögonen är vanligtvis nära varandra (hypotelorism). Förväntad livslängd för dessa drabbade individer varierar beroende på svårighetsgraden av symtomen.
Människor med icke-syndromisk holoprosencefali har ofta ett litet huvud (mikrocefali), även om de kan utveckla vätskeuppbyggnad i hjärnan (hydrocephalus) orsakar ökad huvudstorlek (makrocefali). Andra funktioner kan inkludera en öppning i mantaket (klyftgom ) med eller utan delning i överläppen (klyftläpp ), en central främre tand istället för två (en enda maxillär central snitt ) och en platt näsbro. Ögonkulorna kan vara onormalt små (mikroftalmi) eller frånvarande (anoftalmi).
Vissa individer med icke-syndromisk holoprosencefali har ett distinkt mönster av ansiktsdrag, inklusive en förträngning av huvudet vid templen. ”>
, yttre ögonhörn som pekar uppåt (uppåtlutande palpebrala sprickor ), stora öron, en kort näsa med uppåtvända näsborrar och ett brett och djupt utrymme mellan näsan och munnen (philtrum). I allmänhet är svårighetsgraden av ansiktsdrag direkt relaterad till svårighetsgraden av hjärnavvikelser. Personer med lätt drabbade ansiktsegenskaper kan dock ha allvarliga hjärnavvikelser. Vissa människor har inte uppenbara strukturella hjärnavvikelser men har några ansiktsegenskaper associerade med detta tillstånd. Dessa individer anses ha en form av störningen som kallas mikroform holoprosencefali och identifieras vanligtvis efter födelsen av en allvarligt drabbad familjemedlem.
De flesta människor med icke-syndrom holoprosencefali har utvecklingsfördröjning och intellektuell funktionsnedsättning. Berörda individer har ofta en hypofys som inte fungerar, vilket är en körtel som ligger vid hjärnans botten och som producerar flera hormoner. Eftersom hypofysdysfunktion leder till delvis eller fullständig frånvaro av dessa hormoner kan det orsaka olika störningar. Vanligtvis utvecklar personer med icke-syndrom holoprosencefali och hypofysdysfunktion diabetes insipidus, ett tillstånd som stör balansen mellan vätskeintag och urinutsöndring. Dysfunktion i andra delar av hjärnan kan orsaka kramper, matningssvårigheter och problem med att reglera kroppstemperatur, hjärtfrekvens och andning. Luktsansen kan försämras (hyposmi) eller helt frånvarande (anosmi) om den del av hjärnan som behandlar lukt är underutvecklad eller saknas.