Efter Girondins fall lämnades Montagnards att hantera landets desperata placera. Hotad inifrån av rörelsen för federalism och av inbördeskriget i Vendée i nordväst och hotades vid gränserna av den anti-franska koalitionen, mobiliserade revolutionen sina resurser för seger. I sin dagbok noterade Robespierre att det som behövdes var ”une volonté une” (”en enda testamente”), och denna diktatoriska makt skulle karakterisera den revolutionära regeringen. Dess väsentliga organ hade skapats och han satte sig för att få dem att fungera.
Den 27 juli 1793 intog Robespierre sin plats i kommittén för allmän säkerhet, som först inrättades i april. Medan några av hans kollegor var borta på uppdrag och andra var upptagna av speciella uppdrag, strävade han efter att förhindra splittring bland revolutionärerna genom att förlita sig på de jakobinska samhällena och vaksamhetskommittéerna. Framöver skulle hans handlingar vara oskiljaktiga från regeringens som helhet. Som president för Jacobin Club och sedan för National Convention fördömde han planerna för de parisiska radikalerna, kända som Enragés, som använde livsmedelsbristen för att väcka Paris-sektionerna. Robespierre svarade demonstranterna den 5 september genom att lova maximipriser för alla livsmedel och en revolutionär milis för användning i inre mot kontrarevolutionärer och spannmålshusare.
För att åstadkomma en massplikt, ekonomisk diktatur och total krig bad han att intensifiera terrorens regeringstid. Men han motsatte sig meningslösa avrättningar och skyddade de suppleanter som protesterade mot arresteringen av Girondinerna och kungens syster. Han blev sjuk av massakrerna som godkändes av de företrädare för mission (medlemmar av den nationella kongressen som skickades för att bryta oppositionen i provinserna) och krävde att de skulle återkallas för att ha ”vanärat revolutionen.”
Robespierre ägnade sin rapport om 5 Nivôse år II (25 december 1793) för att rättfärdiga den nationella konventens kollektiva diktatur, administrativ centralisering och utrensning av lokala myndigheter. Han protesterade mot de olika fraktionerna som hotade regeringen. Hébertisterna, Cordeliers och de populära militanterna krävde alla mer radikala åtgärder och uppmuntrade avkristning och lagföring av livsmedelsupptagare. Deras överdrift skrämde bönderna, som inte kunde ha varit nöjda med dekreterna 8 och 13 Ventôse år II (26 februari och mars) 3, 1794), som föreskrev fördelning bland misstänktes egendom för misstänkta.
Återuppträder på Jacobin Club efter en månads sjukdom fördömde Robespierre r adical revolutionisten Jacques-René Hébert och hans anhängare, som tillsammans med några utländska agenter avrättades i mars. De som ville, som Georges Danton, stoppa terrorens regering och kriget attackerade kommittén för allmän säkerhet med ökande våld. Robespierre, även om han fortfarande var tveksam, ledde den nationella konventionen mot dessa så kallade övergivna medel. Dantonistledarna och de suppleanter som komprometterades vid avvecklingen av det franska östindiska kompaniet blev guillotinerade den 16 Germinal (5 april).
En deist i stil med Jean-Jacques Rousseau Robespierre ogillade den antikristna rörelsen och ”maskeraderna” av förnuftskulten. I en rapport till den nationella kongressen i maj bekräftade han Guds existens och själens odödlighet och strävade efter att samla revolutionärerna kring en medborgerlig religion och kulten av det högsta varelsen. Att han förblev extremt populär framgår av de offentliga ovationerna som han fick efter Henri Admirats misslyckade försök på sitt liv den 3 Prairial (22 maj). Nationalkonventionen valde honom president, den 16 Prairial ( 4 juni), med en röst på 216 av 220. I denna egenskap ledde han festen för det högsta väsen (”Etre suprême”) i Tuileries Gardens den 20 Prairial (8 juni), som skulle ge sina fiender ytterligare en vapen mot honom.