Inbördeskrig
Under tiden, utanför Romens murar, såg Pompeius anarkin i staden bli dagligen mer oacceptabelt. Han var beredd att vänta utan att förbinda sig tills Optimates fann en allians med honom oundviklig. Han vägrade ytterligare erbjudanden från Caesar om en äktenskapsallians. Man pratade i Rom redan 54 om en diktatur för Pompeius. Gatuvåld gjorde det omöjligt att hålla valet. I januari 52 dödades Clodius av beväpnade anhängare av Titus Annius Milo, vars kandidatur till konsulatet motverkades bittert av både Pompeius och Clodius. Nu exploderade båda fraktionerna till ännu större våld. Senathuset brändes ner av pöbeln. Med inga högre magistrater i ämnet var senaten tvungen att uppmana Pompey att återställa ordningen. Det var den timmen han hade väntat på. Han kallade snabbt in trupper från Italien. Adeln skulle inte ha honom som diktator; de tyckte att det var säkrare att utse honom till ensam konsul.
Pompeys lagstiftning av 52 avslöjar hans verkliga intresse för reformer och dubbelheten i hans uppförande gentemot Caesar. Han reformerade förfarandet vid domstolarna och producerade en panel med respektabla jurymedlemmar. En sträng lag mot bestickning vid val gjordes retrospektivt till 70 och för alla Pompeys protester togs med rätta av Caesars vänner som riktade mot honom. En annan användbar lag tillämpade ett intervall på fem år mellan magistraturernas tid i Rom och antagandet av provinskommandon. Men denna lag och en annan, som förbjöd kandidatur i frånvaro, förstörde faktiskt grunderna för Caesars förväntan att han skulle bli utsedd konsul och så säker från åtal, innan han var tvungen att upplösa sin armé i Gallien. Flera försök gjordes under åren 51–50 för att återkalla Caesar innan hans andra mandatperiod i Gallien löpte ut. De blev frustrerade av Caesars fraktion och agenter i Rom. Pompeius, trots all sin växande rädsla och misstanke om Caesars ambitioner, kom inte öppet ut mot Caesar förrän sent 51, när han plötsligt klargjorde sina avsikter. Han förklarade att han inte skulle överväga förslaget att Caesar skulle bli utsedd konsul medan han fortfarande var befäl över sin armé. Hans förslag om ett kompromissdatum för Caesars återkallande var oacceptabla för Caesar, vars enda resurs nu var att använda den rikedom han hade samlat i Gallien för att köpa män som kunde hindra hans fiender i senaten. När kriget kom delades senaten jämnt mellan Caesar och Pompey. Konsulaterna var fasta för Pompeius, även om de bara såg honom som det mindre onda. Sent på 50-talet konsul Gaius Marcellus, som inte förmådde senaten att förklara Caesar som en allmän fiende, besökte Pompey med utsedda konsuler och lade ett svärd i hans händer. Pompeius accepterade deras inbjudan att höja en armé och försvara staten. Caesar fortsatte att erbjuda kompromisslösningar under förberedelserna för strejken. Den 7 januari 49 beslutade senaten äntligen ett krigstillstånd. Fyra dagar senare korsade Caesar Rubicon.
Pompeius strategiska plan var att överge Rom och Italien till Caesar och förlita sig på hans befäl över havet och östens resurser för att svälta kejsarna i Italien, men han hade inte den disciplinerade lojaliteten och det fulla samarbetet mellan sina Optimate-allierade och Caesars snabba framsteg söderut misslyckades bara med att förhindra hans tillbakadragande från Italien. Över Adriatiska havet vid Dyrrhachium (nu Durrës, Albanien) blev visdomen i Pompeys strategi tydlig. Caesar, efter en farlig korsning i jakten, befann sig avskuren från sin bas i Italien till sjöss och möter överlägsna landstyrkor. Pompeius fick dock så småningom överge sin marina blockad av resten av Caesars styrkor i Brundisium och misslyckades med att förhindra att de passerade för att gå med i Caesar. Caesars armé drevs tillbaka i ett angrepp på Pompejus läger vid Dyrrhachium, och då ett snabbt beslut i väst misslyckades var Caesar tvungen att flytta österut till Thessalien. Pompeius följde och slog sig samman med senatens armé där under Scipio, vilket gjorde Caesars ställning ohållbar. Vid denna tidpunkt bestämde Pompey, under tryck från sina Optimate-allierade, för strid, ett vettigt beslut om hans motståndare inte hade varit en genial befälhavare. Pompeius led ett katastrofalt nederlag på Pharsalus slätt (48). Han flydde från sitt läger när fienden stormade det och tog sig till kusten. Hans anhängare skulle samlas och involvera Caesar i ansträngande strider i Afrika, Spanien och öst i ytterligare tre år, men Pompey levde inte för att spela en roll i denna kamp. Påskyndad av Caesars snabba jakt förlorade han kontakten med sin egen flotta. Han fortsatte söderut till Cilicia, Cypern och Egypten. Han bestämde sig för att landa vid Pelusium och söka hjälp av Ptolemaios, hans tidigare klient. Kungen marscherade ner till kusten, uppenbarligen för att välkomna honom, men han och hans rådgivare hade valt att inte riskera att förolämpa den segrande kejsaren.Pompeys lilla skvadron låg utanför kusten medan Pompeius, med farväl av sin fru, Cornelia, följde en snedig inbjudan att komma in, med flera följeslagare, en liten båt som skickades för att föra honom till land. När han förberedde sig för att gå i land blev han förrädiskt nedslagen och dödad (28 september, 48 fvt).