Para celebrar a matemática no novo milênio, o Clay Mathematics Institute de Cambridge, Massachusetts (CMI) estabeleceu sete problemas do prêmio. Os prêmios foram concebidos para registrar alguns dos problemas mais difíceis com os quais os matemáticos estavam lutando na virada do segundo milênio; elevar na consciência do público em geral o fato de que, na matemática, a fronteira ainda está aberta e repleta de importantes problemas não resolvidos; enfatizar a importância de trabalhar para a solução dos problemas mais profundos e difíceis; e para reconhecer realizações em matemática de magnitude histórica.
Os prêmios foram anunciados em uma reunião em Paris, realizada em 24 de maio de 2000 no Collège de France. Três palestras foram apresentadas: Timothy Gowers falou sobre A Importância da Matemática; Michael Atiyah e John Tate falaram sobre os próprios problemas.
Os sete Problemas do Prêmio do Milênio foram escolhidos pelo Conselho Consultivo Científico fundador do CMI, que se reuniu com os principais especialistas em todo o mundo. O foco do conselho estava em questões clássicas importantes que resistiram à solução por muitos anos.
Após a decisão do Conselho Consultivo Científico, o Conselho de Diretores do CMI designou um fundo de prêmio de US $ 7 milhões para as soluções para esses problemas, com $ 1 milhão alocado para a solução de cada problema.
É de notar que um dos sete problemas do Prêmio do Milênio, a hipótese de Riemann, formulada em 1859, também aparece na lista de vinte. três problemas discutidos no discurso proferido em Paris por David Hilbert em 9 de agosto de 1900.
As regras para a atribuição do prêmio têm o aval do Conselho Consultivo Científico do CMI e a aprovação dos Diretores. Os membros dessas diretorias têm a responsabilidade de preservar a natureza, a integridade e o espírito deste prêmio.