Teoria dos germes, na medicina, a teoria de que certas doenças são causadas pela invasão do corpo por microrganismos, organismos pequenos demais para serem vistos exceto através de um microscópio . O químico e microbiologista francês Louis Pasteur, o cirurgião inglês Joseph Lister e o médico alemão Robert Koch recebem grande parte do crédito pelo desenvolvimento e aceitação da teoria. Em meados do século 19, Pasteur mostrou que a fermentação e a putrefação são causadas por organismos no ar; na década de 1860, Lister revolucionou a prática cirúrgica ao utilizar ácido carbólico (fenol) para excluir os germes atmosféricos e, assim, prevenir a putrefação em fraturas compostas de ossos; e na década de 1880, Koch identificou os organismos que causam tuberculose e cólera.
Embora a teoria dos germes tenha sido considerada provada há muito tempo, suas implicações completas para a prática médica não eram imediatamente aparentes; sobrecasacas manchadas de sangue eram consideradas trajes adequados para sala de cirurgia mesmo no final da década de 1870, e os cirurgiões operavam sem máscaras ou coberturas para a cabeça até a década de 1890.