A aparente anarquia de formas da catedral esconde um plano compreensível de nove capelas principais. A torre alta com telhado de tenda no centro abriga a Igreja homônima da Intercessão da Mãe de Deus. As quatro maiores cúpulas cobrem as quatro capelas com torres octogonais: a Igreja de São Cipriano & Justina, a Igreja da Santíssima Trindade, a Igreja do Ícone de São Nicolau, o Milagroso, e a Igreja da entrada do Senhor em Jerusalém. Finalmente, existem quatro capelas menores entre elas. Cada capela foi consagrada em homenagem a um evento ou batalha na luta contra Cazã.
Diz a lenda que Ivan cegou os arquitetos para que eles nunca pudessem construir nada comparável. Isso é um mito, no entanto, como os registros mostram que eles foram empregados um quarto de século depois (e quatro anos após a morte de Ivan) para adicionar uma capela adicional à estrutura.
A Igreja de São Vasily, o Abençoada, a capela nordestina no primeiro andar, contém a cripta coberta de dossel de seu santo homônimo, um dos mais venerados em Moscou. Vasily (Basil), o Abençoado, era conhecido como um “tolo santo”, às vezes andando nu e se humilhando propositalmente para a maior glória de Deus. Ele era considerado um vidente e fazedor de milagres, e até Ivan, o Terrível, o reverenciava e temia. Esta 10ª capela – a única ao nível do solo – foi acrescentada em 1588, após a morte do santo. Procure o ícone que representa o próprio São Vasily, com a Praça Vermelha e o Kremlin ao fundo.