Após a queda dos girondinos, os montagnards foram deixados para lidar com os desesperados do país posição. Ameaçada internamente pelo movimento pelo federalismo e pela guerra civil na Vendéia, no noroeste, e ameaçada nas fronteiras pela coalizão anti-francesa, a Revolução mobilizou seus recursos para a vitória. Em seu diário, Robespierre observou que era necessário “une volonté une” (“uma única vontade”), e esse poder ditatorial caracterizaria o governo revolucionário. Seus órgãos essenciais foram criados e ele se dedicou a fazê-los funcionar.
Em 27 de julho de 1793, Robespierre assumiu seu lugar no Comitê de Segurança Pública, que havia sido constituído pela primeira vez em abril. Enquanto alguns de seus colegas estavam ausentes em missões e outros preocupados com atribuições especiais, ele se esforçou para evitar a divisão entre os revolucionários, contando com as sociedades jacobinas e os comitês de vigilância. Daí em diante, suas ações seriam inseparáveis das do governo como um todo. Como presidente do Clube Jacobino e depois da Convenção Nacional, denunciou os esquemas dos radicais parisienses conhecidos como Enragés, que aproveitavam a escassez de alimentos para agitar os setores parisienses. Robespierre respondeu aos manifestantes em 5 de setembro prometendo preços máximos para todos os gêneros alimentícios e uma milícia revolucionária para uso no interior contra os contra-revolucionários e acumuladores de grãos.
Para conseguir um recrutamento em massa, ditadura econômica e total guerra, ele pediu para intensificar o Reino do Terror. Mas ele se opôs às execuções inúteis, protegendo os deputados que protestaram contra a prisão dos girondinos e da irmã do rei. Ele ficou enojado com os massacres tolerados pelos representantes em missão (membros da Convenção Nacional enviados para quebrar a oposição nas províncias) e exigiu sua revogação por “desonrar a Revolução”.
Robespierre dedicou seu relatório de 5 Nivôse, ano II (25 de dezembro de 1793), para justificar a ditadura coletiva da Convenção Nacional, a centralização administrativa e o expurgo das autarquias locais. Protestou contra as várias facções que ameaçavam o governo. Os hebertistas, os cordeliers e os militantes populares pediam medidas mais radicais e encorajavam a descristianização e a repressão aos acumuladores de alimentos. Seus excessos assustaram os camponeses, que não ficaram satisfeitos com os decretos de 8 e 13 de Ventôse, ano II (26 de fevereiro e março 3 de 1794), que previa a distribuição entre os pobres dos bens dos suspeitos.
Reaparecendo no Clube Jacobino após um mês de doença, Robespierre denunciou o r o revolucionário adical Jacques-René Hébert e seus partidários, que junto com alguns agentes estrangeiros foram executados em março. Aqueles que queriam, como Georges Danton, deter o Reino do Terror e a guerra atacaram as políticas do Comitê de Segurança Pública com violência crescente. Robespierre, embora ainda hesitante, liderou a Convenção Nacional contra os chamados Indulgentes. Os líderes dantonistas e os deputados comprometidos com a liquidação da Companhia Francesa das Índias Orientais foram guilhotinados em 16 de Germinal (5 de abril).
Um deísta no estilo de Jean-Jacques Rousseau , Robespierre desaprovou o movimento anticristão e as “máscaras” do culto da razão. Em um relatório à Convenção Nacional em maio, ele afirmou a existência de Deus e a imortalidade da alma e se esforçou para reunir os revolucionários em torno de um religião cívica e o culto ao Ser Supremo. Que ele permaneceu extremamente popular é demonstrado pelas ovações públicas que recebeu após o atentado malsucedido de Henri Admirat contra sua vida em 3 de Prairial (22 de maio). A Convenção Nacional o elegeu presidente, em 16 de Prairial ( 4 de junho), por uma votação de 216 de 220. Nessa qualidade, ele dirigiu a festa do Ser Supremo (“Etre suprême”) nos Jardins das Tulherias em 20 Prairial (8 de junho), que deveria fornecer aos seus inimigos outra arma contra ele.