A evidência fóssil
Além da descoberta original da mandíbula, craniana e mão de 1,8 milhão de anos ossos de um indivíduo jovem chamado Olduvai Hominid 7 (OH 7), fósseis adicionais de Olduvai foram atribuídos a H. habilis. Pedaços de outro crânio de paredes finas, juntamente com as mandíbulas e dentes superiores e inferiores, vieram à luz em 1963. Apenas um mês depois, um terceiro crânio foi encontrado, mas os ossos haviam sido pisoteados pelo gado depois de serem levados para uma ravina. Alguns dos dentes sobreviveram, mas o crânio foi quebrado em muitos pequenos fragmentos; apenas a parte superior da caixa craniana, ou abóbada, foi remontada. Esses dois crânios são chamados OH 13 e OH 16.
Desde 1964, mais material foi descoberto. Um espécime intrigante é OH 24, que também era de Olduvai e datado de cerca de 1,8 mya. Este crânio é mais completo do que os outros de Olduvai. Como alguns dos ossos estão esmagados e distorcidos, o rosto e a caixa craniana estão deformados. OH 24 pode diferir do Australopithecus no tamanho do cérebro e características dentais, mas se assemelha aos australopitecos da África do Sul em outras características, como o formato do rosto.
Descobertas importantes feitas na região de Koobi Fora, no norte do Quênia, incluem um crânio controverso chamado KNM-ER 1470 (Museu Nacional do Quênia – Rudolf Oriental), que foi descoberto em 1972 e datado de 1,9 mya. O espécime se assemelha tanto ao Australopithecus quanto ao Homo. Como no caso do OH 16, este espécime havia sido quebrado em muitos fragmentos, que só puderam ser coletados após extensa peneira dos depósitos. Algumas das peças foram então encaixadas na reconstrução de uma face e grande parte de uma grande abóbada. O volume do cérebro pode ser medido com bastante precisão e é de cerca de 750 cm cúbicos (cc), ou 46 polegadas cúbicas. Essa evidência levou alguns paleoantropólogos a descrever ER 1470 como um dos mais antigos representantes indubitáveis do gênero Homo, porque algumas outras características da caixa craniana também são semelhantes ao Homo. Ao mesmo tempo, é evidente que o esqueleto facial é relativamente grande e achatado nas partes inferiores. Nesse aspecto, o espécime de Koobi Fora se assemelha ao Australopithecus anatomicamente.
Entre outras descobertas importantes da região de Koobi Fora estão KNM-ER 1813 e KNM-ER 1805. Ambos foram descobertos em 1973, com ER 1813 datado de 1,9 mya e ER 1805 datado de 1,7 mya . O primeiro, que é quase um crânio, é menor do que ER 1470 e se assemelha ao OH 13 em muitos detalhes, incluindo tamanho e morfologia do dente. O último crânio exibe algumas características peculiares. Embora a caixa craniana do ER 1805 tenha cerca de 600 cc (36,6 polegadas cúbicas) de volume e seja, portanto, expandida moderadamente além do tamanho esperado no Australopithecus, uma crista óssea corre ao longo do topo do crânio. Esta crista sagital é acoplada a outra crista proeminente orientada na parte posterior do crânio. Essas cristas indicam que os músculos da mastigação e os músculos do pescoço foram desenvolvidos de maneira poderosa. Um padrão semelhante, embora mais exagerado, de crista aparece nos chamados australopitecos robustos, mas não no Homo. Outras características do ER 1805, no entanto, são semelhantes ao Homo. Como resultado, tem havido divergências entre os anatomistas quanto à espécie de hominídeo à qual esse indivíduo deve ser atribuído. Apesar de suas anomalias, ER 1805 é frequentemente discutido junto com outros espécimes agrupados como H. habilis.
Várias mandíbulas semelhantes à de OH 7 foram recuperadas da área de Koobi Fora e dentes que podem pertencer a H. habilis foram encontrados mais ao norte, no vale do rio Omo, na Etiópia. Algum material adicional, incluindo um crânio mal quebrado, é conhecido na caverna em Swartkrans na África do Sul. Em Swartkrans, os fósseis são misturados com muitos outros ossos de australopitecos robustos. Uma espécie primitiva de Homo também pode estar presente em Sterkfontein, não muito longe de Swartkrans. Aqui, novamente, os restos são fragmentários e não particularmente informativos.
Uma descoberta mais valiosa foi relatada no desfiladeiro de Olduvai em 1986. Uma mandíbula com dentes e fragmentos de crânio, bem como pedaços de um braço direito e ambas as pernas foram encontrado. Os ossos parecem representar um indivíduo, datado de 1,8 mya e chamado OH 62. Embora o crânio esteja despedaçado, o suficiente da face é preservado para sugerir semelhanças com os primeiros Homo. A descoberta é especialmente importante por causa dos membros, que mostram que OH 62 era um hominídeo muito pequeno. O braço é longo em relação à perna, resultando em proporções corporais que diferem dramaticamente daquelas dos hominíneos mais modernos.
Uma das descobertas mais importantes do século 21 incluiu uma mandíbula encontrada no Ledi-Geraru local de pesquisa no vale do rio Awash, na Etiópia, em 2013, que pode ser o espécime mais antigo conhecido atribuído ao H. habilis. Datado de 2,8–2,75 mya, ele possui alguns dos traços primitivos que ocorrem no Australopithecus, embora também contenha características derivadas (como dentes menores e um queixo muito reduzido) associadas a espécies posteriores de Homo. O espécime provou ser útil para preencher a lacuna de quase um milhão de anos na datação entre fósseis associados com A. afarensis e fósseis associados com Homo. No entanto, muitos paleontólogos – incluindo o descobridor, o paleontólogo americano Brian Villmoare – hesitam em associá-lo inequivocamente ao H. habilis até que restos adicionais sejam encontrados.