비잔틴 제국에서 교회와 국가는 천체의 지상파에 해당하는 것으로 생각되는 단일 기독교 제국의 필수 측면으로 불가분하게 연결되었습니다. 그러므로 후기 비잔틴 황제들처럼 교회의 훌륭한 정부를 장려하고 정통 가르침을 유지하는 것이 유스티니아누스의 의무였습니다. 이것은 그의 법률 중 많은 부분이 종교 문제를 자세히 다루는 이유를 설명합니다. 예를 들어 이교도, 이단자 및 사마리아인은 어떤 주제도 가르치는 것이 금지되었으며, 고전적 유산을 충분히 이해하고 있음에도 불구하고 유스티니아누스는 한때 유명한 아테네 아카데미에서 이교도 교사를 추방했습니다. 그리스 철학보다는 이교도에 반대하는 행동이었습니다. .
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Justinian의 주요 교리 적 문제는 칼 케돈 공의회 (451)에서 받아 들여진 정통적 견해, 신성과 인간의 본성이 그리스도 안에서 공존한다는 것과 그의 신성을 강조한 단일성 가르침 사이의 갈등이었습니다. 단일 물리주의는 시리아와 이집트에서 강하게 열렸으며 비잔틴 통치에 대한 국가적 감정과 원한이 증가하는 것과 밀접하게 연관되어있었습니다. 아내 테오도라가 Monophysites의 강력한 챔피언이었던 Justinian은 동부 지방을 잃고 싶지 않았지만 다른 한편으로 그들에 대한 양보가 거의 확실히 로마와 서부를 소외시킬 것임을 알고있었습니다. 유스티니아누스는 정교회 서구 주교들에게 모노 파이 사이트들과 타협을하도록 강요하려했고, 그는 심지어 교황 비길 리우스를 콘스탄티노플에서 자신의 의지에 반하여 붙잡아 두었고, 안디옥에서 중요한 교회 인물들의 글을 비난하기까지했습니다. 목표. 두 번째 콘스탄티노플 공의회 (553)는 마침내 칼케 도니아의 입장을 재확인하고 안티오크의 용의자 저작을 비난했습니다. 그러나 유스티니아누스는 에피소드에서 아무것도 달성하지 못했습니다. 그는 Monophysites를 화해시키지 않았고, Antioch는 교사에 대한 공격으로 분노했으며, 특히 교황 Vigilius를 다루고 교리 문제를 결정하려는 시도로 로마를 자극했습니다. 의회의 법령은 Vigilius의 후계자들에 의해 받아 들여지지 않았고 로마와 콘스탄티노플 사이에 분열이 발생하여 610 년까지 지속되었습니다.
그의 통치가 끝날 무렵 유스티니아누스는 어느 정도 공무에서 물러났습니다. 신학 적 문제에 휩싸였습니다. 그는 564 년 말에 그리스도의 인체가 썩지 않고 고통 스러울 뿐이라는 명령을 내렸을 때 이단에 빠졌습니다 (Aphthartodocetism이라고하는 교리). 이것은 즉각적인 항의를 불러 일으켰고 많은 성직자들이 그것에 가입하기를 거부했지만, 황제의 죽음과 함께 문제는 취소되었고, 그 당시 왕좌는 그의 조카 Justin II에게 넘어갔습니다. 교회 문제에 대한 Justinian의 관심과 활동을 caesaropapism ( 교회를 통제하는 상태)는 오해의 소지가 있습니다. 후임 비잔틴 황제와 마찬가지로 유스티니아누스는 자신을 그리스도의 대리자로 여겼고, 동로마 제국은 라틴 기독교 국에서 발전된 것처럼 교회와 국가 사이의 명확한 구분을 알지 못했습니다.