Katedralens tilsyneladende anarki af figurer skjuler en forståelig plan med ni hovedkapeller. Det høje telttagne tårn i midten huser navnebrorens kirke for Guds forbøn. De fire største kupler top fire ottekantede tårnkapeller: Church of Sts Cyprian & Justina, Church of the Holy Trinity, Church of the Icon of St. Nicholas the Miracle Worker, and the Church af Herrens indtræden i Jerusalem. Endelig er der fire mindre kapeller imellem. Hvert kapel blev indviet til ære for en begivenhed eller kamp i kampen mod Kazan.
Legenden siger, at Ivan havde arkitekterne blændet, så de aldrig kunne bygge noget lignende. Dette er dog en myte, da optegnelser viser, at de blev ansat et kvart århundrede senere (og fire år efter Ivans død) for at tilføje et yderligere kapel til strukturen.
Kirken St. Vasily, Velsignet, det nordøstlige kapel på 1. sal, indeholder den overdækkede krypt af sin navnebror, en af de mest ærede i Moskva. Vasily (Basil) den velsignede var kendt som en “hellig fjols”, sommetider gik nøgen og ydmygt sig med vilje til større ære for Gud. Han blev anset for at være en seer og mirakelproducent, og selv Ivan den frygtelige ærede og frygtede ham. Dette 10. kapel – det eneste på jordoverfladen – blev tilføjet i 1588 efter helgenens død. Se efter ikonet, der skildrer St. Vasily selv med Den Røde Plads og Kreml i baggrunden.