San Juan krydstogtshavn ligger på nordkysten af Ruerto Rico. Det er den største by og hovedstaden på øen. San Juan er den næstældste efter Santo Domingo, hovedstaden, som europæerne etablerede i Caribien. Oprindeligt blev øen opkaldt San Juan og havnen – Ciudad de Puerto Rico. De byttede over tid.
San Juan krydstogtsportplan har reserveret skibe, der hovedsageligt opererer på østlige og sydlige Caribiske ruter, der afgår returrejse fra Florida havne. Det er dog også en hjemhavn for flere større krydstogtskibe, der sejler returflyvninger med afgang fra Puerto Rico. Blandt de mest populære caribiske øhavsdestinationer ofte kombineret med Puerto Rico er Windward Islands (St. Lucia, Dominica, St. Vincent, Barbados, Tobago, Grenada), Leeward Islands (St. Maarten, Guadeloupe, St. Kitts) og Hollandske Antiller (Curacao, Bonaire , Aruba).
Alle Puerto Rico-strande er åbne for offentligheden. Imidlertid kaldes offentlige strande (betjent af livreddere og med faciliteter) her balnearios. De er gratis (ingen adgangsgebyrer), men opkræver gebyr for parkering samt skabe og brusere. De mest populære er El Escambron og Isla Verde.
I begyndelsen af april 2017 blev (RCCL) Royal Caribbeans prtnership med Puerto Rico Ports Authority (statsejet selskab) annonceret for at forbedre havnens krydstogt mole “Pan American Wharf 2”. Beslutningen fulgte RCCLs meddelelser om hjemmeportering af Freedom of the Seas i havn San Juan (startende maj 2018). Til nødvendige udviklingsinvesteringer vil optimere havnens cruise dockinginfrastruktur. Værkerne vil omfatte forbedringer af boardingbroen, forbedringer af sikkerhedskontrolpunkter, forbedringer af toiletter, fortøjningsforbedringer, nye passagerregistreringsborde, forbedringer af bygninger, udvidelse af terminalen, bagageinspektionsområdet, uddybning i molens skibsdockingområde. >
I løbet af sæsonen 2015-2016 bragte RCCL / Royal Caribbean skibe alene 574.140 passagerer til Port San Juan. I løbet af sæsonen 2017-2018 nåede dette tal op på 700.000.
Krydstogtshavnen blev besøgt af 6,8 millioner krydstogtpassagerer i 2008-2009, 7,9 millioner (2014-2015) og 1,5 millioner ( 2015-2016). Krydstogtturister bidrager med ca. 7,1% til Puerto Ricos økonomi. For at være i stand til at håndtere verdens største krydstogtskibe investerede Port San Juan omkring USD 8 millioner i at bygge en 3. dock. Den 28. december 2016 blev havnen besøgt af Harmony of the Seas (maks. Kapacitet 6314 pax / 2300 besætning).
For regnskabsåret 2018 anslog Puerto Rico, at omkring 1,7 millioner turister til krydstogtskibe ankommer den de planlagte 540 skibsopkald genererer omkring 250 millioner dollars til den lokale økonomi. Turismeindustrien repræsenterer ~ 7% af landets økonomi. 2018 sluttede med håndteret næsten 1,8 millioner krydsere via 517 skibeanløb (21% stigning i forhold til 2017).
I slutningen af september 2020 udsendte PRPA (Puerto Rico Ports Authority / Managing Company) en anmodning om forslag til Isla Grande “Pier 15 tørdok (sydøst fra krydstogtshavnen). Det fremtidige projekt inkluderer anlæggets reparation (eftersyn), vedligeholdelse og drift. Tørdokken blev oprindeligt bygget (i begyndelsen af 1940erne) og drives af den amerikanske flåde, erhvervet af PRPA i slutningen af 1990erne og ikke brugt siden 2000. Projektet kunne generere ~ USD 20 millioner (i private investeringer), ~ USD 16 millioner (årlig effekt) og støtte ~ 400 lokale job. Den renoverede drydock kunne bruges til almindeligt vedligeholdelsesarbejde og istandsættelse af forskellige skibstyper (inklusive fragt, mindre krydsere, færger, superyachter). Tømdoksen har en længde på ca. 183 m, en bredde på en afstand på 31 m og en dybde på 10 m, hvilket gør det muligt at betjene skibe med en maksimal LOA-længde på en fod på 121 m.