Leder for den islamiske republik
Fra midten af 1970erne voksede Khomeinis indflydelse inde i Iran dramatisk på grund af stigende offentlig utilfredshed med shahens regime. Iraks hersker, Saddam Hussein, tvang Khomeini til at forlade Irak den 6. oktober 1978. Khomeini bosatte sig derefter i Neauphle-le-Château, en forstad til Paris. Derefter videreformidlede hans tilhængere hans båndoptagede beskeder til en i stigende grad ophidset iransk befolkning, og massive demonstrationer, strejker og civil uro i slutningen af 1978 tvang shahens afgang fra Iran den 16. januar 1979. Khomeini ankom i Tehrān i triumf den 1. februar 1979 og blev hyldet som den religiøse leder af Irans revolution. Han annoncerede dannelsen af en ny regering fire dage senere, og den 11. februar erklærede hæren sin neutralitet. Khomeini vendte tilbage til Qom, da den gejstlige klasse arbejdede for at etablere deres magt. En national folkeafstemning i april viste overvældende støtte til institutionen for en islamisk republik, og forfatningen for den islamiske republik blev godkendt ved en folkeafstemning i december. Khomeini blev udnævnt til Rahbar, Irans politiske og religiøse leder for livet.
AP
Khomeini selv viste sig at være urokkelig i sin vilje til at omdanne Iran til en teokratisk styret islamisk stat. Irans Shiʿi-gejstlige overtog i vid udstrækning formuleringen af regeringspolitik, mens Khomeini voldgiftsmæglede mellem de forskellige revolutionære fraktioner og traf endelige beslutninger om vigtige spørgsmål, der krævede hans personlige autoritet. Først tog hans regime politisk hævn, hvor hundreder af mennesker, der havde arbejdet for shahens regime, angiveligt blev henrettet. Den resterende indenlandske opposition blev derefter undertrykt, dens medlemmer blev systematisk fængslet eller dræbt. Iranske kvinder skulle bære sløret, vestlig musik og alkohol blev forbudt, og de straffe, der var foreskrevet i islamisk lov, blev genindført.
Hovedformålet med Khomeinis udenrigspolitik var den fuldstændige opgivelse af shahens pro-vestlige orientering og vedtagelse af en holdning af ubarmhjertig fjendtlighed over for både supermagter, De Forenede Stater og Sovjetunionen. Derudover forsøgte Iran at eksportere sit brand af islamisk vækkelse til muslimske nabolande, især blandt deres shiʿi-befolkninger. Khomeini sanktionerede iranske militante beslaglæggelse af den amerikanske ambassade i Teherān (4. november 1979) og deres besiddelse af amerikansk diplomatisk personale som gidsler i mere end et år (se Irans gidselkrise). Han nægtede også at se en fredelig løsning på krigen mellem Iran og Irak, som var begyndt i 1980, og som han insisterede på at forlænge i håbet om at vælte Saddam. Khomeini godkendte endelig en våbenhvile i 1988, der effektivt sluttede krigen.
Irans forløb for økonomisk udvikling grundlagt under Khomeinis styre, og hans forfølgelse af sejr i krigen mellem Iran og Irak viste sig i sidste ende forgæves. Khomeini var imidlertid i stand til at bevare sit karismatiske greb om Shiʿah i Iran, og han forblev den højeste politiske og religiøse dommer i landet indtil sin død. Hans gravhyldede grav på Teherāns Behesht-e Zahrāʾ kirkegård blev en helligdom for hans tilhængere.
Redaktørerne af Encyclopaedia Britannica