Ifølge Eunice Kennedy Shriver gik hun tilbage, da Rosemary vendte tilbage til USA fra Det Forenede Kongerige i 1940; Shriver sagde senere, at Rosemary blev “” mere og mere irritabel og vanskelig “” i en alder af 22. Rosemary ville ofte opleve kramper og flyve i voldelige raserier, hvor hun ville ramme og skade andre i denne periode. Efter at være udvist fra en sommerlejr i det vestlige Massachusetts og kun have opholdt sig et par måneder på en kostskole i Philadelphia, blev Rosemary sendt til en klosterskole i Washington, DC Rosemary begyndte at snige sig ud af klosterskolen om natten. Nonnerne ved klosteret troede, at Rosemary måske var involveret i mænd, og at hun kunne få en seksuelt overført sygdom eller blive gravid. Hendes lejlighedsvis uregelmæssige opførsel frustrerede hendes forældre; hendes far var især bekymret for, at Rosemarys opførsel ville skamme og gøre familien flov og skade hans og hans børns politiske karriere.
Da Rosemary var 23 år gammel, fortalte læger hendes far, at en form for psykokirurgi kendt som en lobotomi ville hjælpe med at berolige hendes humørsvingninger og stoppe hendes lejlighedsvise voldsomme udbrud. Joseph Kennedy besluttede, at Rosemary skulle have en lobotomi; dog underrettede han først sin kone om denne beslutning, før proceduren var afsluttet. Proceduren fandt sted i november 1941. James W. Watts, der gennemførte proceduren med Walter Freeman (begge ved George Washington University School of Medicine), beskrev proceduren til forfatter Ronald Kessler som følger:
Vi gik gennem toppen af hovedet, jeg synes, Rosemary var vågen. Hun havde en mild beroligende middel. Jeg lavede et kirurgisk snit i hjernen gennem kraniet. Det var tæt på fronten. Det var på begge sider. Vi lavede netop et lille snit, ikke mere end en tomme. “Instrumentet, som Dr. Watts brugte, lignede en smørkniv. Han svingede det op og ned for at skære hjernevæv.” Vi lagde et instrument inde “, sagde han. Som Dr. Watts skar, stillede Dr. Freeman Rosemary nogle spørgsmål. For eksempel bad han hende om at recitere bønnen eller synge “God Bless America” eller tælle baglæns. “Vi lavede et skøn over, hvor langt vi skulle skære ud fra, hvordan hun reagerede.” Da Rosemary begyndte at blive usammenhængende, stoppede de.
Dr. Watts fortalte Kessler, at Rosemary efter hans mening ikke havde lidt af mental retardation, men snarere af en form for depression. En gennemgang af alle papirerne skrevet af de to læger bekræftede Dr. Watts “erklæring. Alle patienter, som de to læger lobotomiserede, blev diagnosticeret med en eller anden form for psykisk lidelse. Dr. Bertram S. Brown, direktør for National Institute of Mental Health, som tidligere var assistent for præsident Kennedy, fortalte Kessler, at Joe Kennedy henviste til sin datter Rosemary som mentalt retarderet snarere end mentalt syg for at beskytte Johns ry for et præsidentvalg, og at familiens mangel på støtte til psykisk sygdom er en del af en livslang familiebenægtelse af, hvad der virkelig var så. “
Det blev hurtigt tydeligt, at proceduren ikke havde været vellykket. Kennedys mentale kapacitet faldt til en to-årig -ældre barn. Hun kunne ikke gå eller tale forståeligt og var inkontinent.
AftermathEdit
Efter lobotomi blev Rosemary straks institutionaliseret. Hun boede oprindeligt i flere år på Craig House, et privat psykiatrisk hospital en time og tredive minutter nord for New York City. I 1949 blev hun flyttet til Jefferson, Wisconsin, hvor hun boede resten af sit liv på grund af St. Coletta School for Exceptional Children (tidligere kendt som “St. Coletta Institute for Backward Youth”). Ærkebiskop Richard Cushing havde fortalt sin far om St. Coletta “, en institution for mere end tre hundrede mennesker med handicap, og hendes far rejste til og byggede et privat hus til hende omkring en kilometer uden for St. Colettas hovedcampus nær Alverno Hus, som var designet til voksne, der havde brug for livslang pleje. Nonnerne kaldte huset “Kennedy-hytten”. To katolske nonner, søster Margaret Ann og søster Leona, sørgede for hendes pleje sammen med en studerende og en kvinde, der arbejdede med keramik med Rosemary tre nætter om ugen. Rosemary havde en bil, der kunne bruges til at tage hende med på forlystelser, og en hund, som hun kunne tage på gåture.
Som svar på hendes tilstand adskilte Rosemarys forældre hende fra sin familie. Rose Kennedy gjorde ikke besøg hende i 20 år. Joseph P. Kennedy Sr. besøgte ikke sin datter på institutionen. I Rosemary: The Hidden Kennedy Daughter sagde forfatteren Kate Clifford Larson, at Rosemarys lobotomi var skjult for familien i tyve år; ingen af hendes søskende vidste, hvor hun var. Mens hendes ældre bror John kæmpede for genvalg til senatet i 1958, forklarede Kennedy-familien hendes fravær ved at hævde, at hun var tilbagevendende.Kennedy-familien forklarede ikke offentligt hendes fravær indtil 1961, efter at John var blevet valgt til præsident. Kennedys afslørede ikke, at hun var institutionaliseret på grund af en mislykket lobotomi, men sagde i stedet, at hun blev anset for “mentalt retarderet”. I 1961, efter at Joseph P. Kennedy, Sr. fik et slagtilfælde, der gjorde at han ikke kunne tale, blev Rosemarys søskende gjort opmærksom på hendes placering. Hendes lobotomi blev først offentlig viden før 1987.