Cromwell i parlamentet
Cromwell var allerede blevet kendt i parlamentet 1628–29 som en brændende og noget usød puritaner, der havde lanceret et angreb på Charles Is biskopper. Han mente, at den enkelte kristne kunne etablere direkte kontakt med Gud gennem bøn, og at gejstlighedens vigtigste pligt var at inspirere lægfolk ved at prædike. Således havde han bidraget ud af sin egen lomme til støtte fra omreisende protestantiske prædikanter eller “foredragsholdere” og åbent vist, at han ikke kunne lide sin lokale biskop ved Ely, en leder af High Church-partiet, der stod for vigtigheden af rituel og bispebeføjelse. Han kritiserede biskoppen i Underhuset og blev udnævnt til medlem af et udvalg for at undersøge andre klager over ham. Cromwell mistroede faktisk hele hierarkiet i Church of England, skønt han aldrig var imod en statskirke. Han foreslog derfor afskaffelse af biskoppens institution og forbud mod et bestemt ritual som foreskrevet i The Book of Common Prayer. Han mente, at kristne menigheder burde have lov til at vælge deres egne præster, som skulle tjene dem ved at forkynde og udøve bøn.
Cromwells valg til Parlamenter fra 1640 (se det korte parlament; det lange parlament) for bydelen Cambridge var bestemt resultatet af tætte forbindelser mellem ham selv og radikale puritanere i byrådet. I parlamentet styrkede han sit ry som et religiøst hothead ved at fremme en radikal reform. Faktisk var han for åbenlyst for lederne af oppositionen, som ophørte med at bruge ham som deres talerør efter de lange måneder af det lange parlament.
Faktisk, selvom Cromwell delte sine medmedlemmeres klager over skatter, monopoler og andre byrder, der blev pålagt folket, var det hans religion, der først bragte ham i opposition til kongens regering. Da John Pym og hans venner i november 1641 præsenterede kong Charles I for en “Grand Remonstrance”, bestående af over 200 klausuler, blandt hvilke man censurerede biskopperne “og den korrupte del af gejstligheden, der værner om formalitet og overtro” til støtte af deres eget “kirkelige tyranni og usurpation,” erklærede Cromwell, at hvis det ikke var blevet vedtaget af Underhuset, ville han have solgt alt, hvad han havde “den næste morgen og aldrig har set England mere.”
Remonstransen blev ikke accepteret af kongen, og kløften mellem ham og hans førende kritikere i Underhuset udvidet. En måned senere forsøgte Charles forgæves at arrestere fem af dem for forræderi: Cromwell var endnu ikke tilstrækkeligt fremtrædende til at være blandt disse. Men da kongen forlod London i 1642 for at rejse en hær, og begivenhederne drev mod borgerkrig, begyndte Cromwell at skelne sig ikke kun som en åbenlyst puritan, men også som en praktisk mand, der var i stand til at organisere og lede. I juli fik han tilladelse fra Underhuset til at tillade sin valgkreds i Cambridge at oprette og bevæbne selskaber til forsvar, i august red han selv til Cambridge for at forhindre, at gymnasierne sendte deres tallerken for at blive smeltet til fordel for kongen. , og så snart krigen begyndte, anbragte han en gruppe kavaleri i sit fødested Huntingdon. Som kaptajn gjorde han sin første optræden med sin tropp i de afsluttende faser af slaget ved Edgehill (23. oktober 1642), hvor Robert Devereux, 3. jarl i Essex, var chef for parlamentet i den første store konkurrence i krigen.