For at fejre matematik i det nye årtusinde etablerede The Clay Mathematics Institute of Cambridge, Massachusetts (CMI) syv prisproblemer. Præmierne blev udtænkt til at registrere nogle af de sværeste problemer, som matematikere kæmpede med ved begyndelsen af det andet årtusinde; at hæve det i offentlighedens bevidsthed, at grænsen stadig er åben i matematik og bugner af vigtige uløste problemer; at understrege vigtigheden af at arbejde hen imod en løsning af de dybeste, sværeste problemer; og at anerkende præstation i matematik af historisk størrelse.
Præmierne blev annonceret på et møde i Paris, der blev afholdt den 24. maj 2000 i Collège de France. Tre forelæsninger blev præsenteret: Timothy Gowers talte om vigtigheden af matematik; Michael Atiyah og John Tate talte om selve problemerne.
De syv Millennium-prisproblemer blev valgt af den grundlæggende Scientific Advisory Board of CMI, der konfererede med førende eksperter over hele verden. Bestyrelsens fokus var på vigtige klassiske spørgsmål, der har modstået løsningen i mange år.
Efter beslutningen fra det videnskabelige rådgivende udvalg udpegede bestyrelsen for CMI en præmiefond på 7 millioner dollars til løsningerne til disse problemer, med $ 1 million afsat til løsningen af hvert problem.
Det bemærkes, at et af de syv Millennium-prisproblemer, Riemann-hypotesen, formuleret i 1859, også vises på listen over tyve tre problemer diskuteret i den tale, som David Hilbert holdt i Paris den 9. august 1900.
Reglerne for tildelingen af prisen har tilslutning fra CMI Scientific Advisory Board og godkendelsen af direktørerne. Medlemmerne af disse bestyrelser har ansvaret for at bevare karakteren, integriteten og ånden i denne pris.