Kimteori, i medicin, teorien om, at visse sygdomme er forårsaget af mikroorganismernes invasion af kroppen, organismer, der er for små til at blive set undtagen gennem et mikroskop . Den franske kemiker og mikrobiolog Louis Pasteur, den engelske kirurg Joseph Lister og den tyske læge Robert Koch får meget af æren for udvikling og accept af teorien. I midten af det 19. århundrede viste Pasteur, at gæring og forrådnelse er forårsaget af organismer i luften; i 1860erne revolutionerede Lister kirurgisk praksis ved at bruge carbolsyre (phenol) til at udelukke atmosfæriske bakterier og således forhindre forrådnelse i sammensatte knoglebrud; og i 1880erne identificerede Koch de organismer, der forårsager tuberkulose og kolera.
Selvom kimteorien længe har været anset som bevist, var dens fulde implikationer for lægepraksis ikke umiddelbart synlige; blodfarvede frakkefrakker blev betragtet som egnede operationsstuer selv i slutningen af 1870erne, og kirurger opererede uden masker eller hovedbeklædninger så sent som i 1890erne.