Aktivisme og husarrest
I juli 1989 militærregeringen for den nyligt navngivne Union Myanmar (siden 2011, Republikken af Unionen Myanmar) placerede Suu Kyi i husarrest i Yangon (Rangoon) og holdt hende inkommunikeret. Militæret tilbød at befri hende, hvis hun accepterede at forlade Myanmar, men hun nægtede at gøre det, før landet blev returneret til den civile regering og politiske fanger blev frigivet. National League for Democracy (NLD), som Suu Kyi havde grundlagt i 1988, vandt mere end 80 procent af de parlamentariske pladser, der blev anfægtet i 1990, men resultaterne af dette valg blev ignoreret af militærregeringen (i 2010 militærregeringen annullerede formelt resultatet af valget i 1990). Nyheden om, at Suu Kyi blev tildelt Nobelprisen, modregnede i en intens fortabelse af hende af regeringen, og da hun stadig blev tilbageholdt, accepterede hendes søn, Alexander Aris, prisen i hendes sted.
Suu Kyi blev befriet for husarrest i juli 1995, skønt der blev begrænset hendes evne til at rejse uden for Yangon. Det følgende år deltog hun i NLD-partikongressen, men militærregeringen fortsatte med at chikanere både hende og hendes parti. I 1998 annoncerede hun dannelsen af et repræsentativt udvalg, som hun erklærede var landets legitime regerende parlament. Michael Aris døde i London i begyndelsen af 1999. Før sin død nægtede militærjuntaen ham et visum til at besøge Suu Kyi i Myanmar, og Suu Kyi, der forventede, at hun ikke ville få lov til at genindtræde i landet, hvis hun forlod, forblev i Myanmar .
Juntaen placerede igen Suu Kyi i husarrest fra september 2000 til maj 2002, tilsyneladende for at have overtrådt restriktioner ved at forsøge at rejse uden for Yangon. Efter sammenstød mellem NLD og regeringsdemonstranter i 2003 vendte regeringen hende tilbage til husarrest. Opfordringer til hendes løsladelse fortsatte i hele det internationale samfund i lyset af sin straffes årlige fornyelse, og i 2009 erklærede et FN-organ sin tilbageholdelse ulovlig i henhold til Myanmars egen lov. I 2008 blev betingelserne for hendes husarrest noget løsnet, hvilket gjorde det muligt for hende at modtage nogle blade samt breve fra sine børn, som begge boede i udlandet.
I maj 2009, kort før hendes seneste dom blev for at blive afsluttet blev Suu Kyi arresteret og anklaget for at have overtrådt vilkårene for hendes husarrest, efter at en ubuden gæst (en amerikansk statsborger) kom ind i hendes husforbindelse og tilbragte to nætter der. I august blev hun dømt og idømt tre års fængsel, skønt dommen straks blev reduceret til 18 måneder, og hun fik lov til at afsone den, mens hun blev tilbage i husarrest. På tidspunktet for hendes overbevisning var troen udbredt både inden for og uden for Myanmar om, at denne seneste afgørelse var designet til at forhindre Suu Kyi i at deltage i parlamentsvalg i flere partier (det første siden 1990), der var planlagt til 2010.
At mistanke blev realitet gennem en række nye valglove vedtaget i marts 2010: en forbød enkeltpersoner enhver deltagelse i valg, hvis de var blevet dømt for en forbrydelse (som hun havde været i 2009), og en anden diskvalificerede enhver, der var (eller havde været ) gift med en fremmed statsborger fra at stille op til embedet. Til støtte for Suu Kyi nægtede NLD at omregistrere sig under disse nye love (som krævet) og blev opløst. Regeringspartierne stod over for lidt modstand i valget den 7. november 2010 og vandt let et overvældende flertal af lovgivningsmæssige pladser midt i udbredte beskyldninger om vælgerbedrageri. Suu Kyi blev løsladt fra husarrest seks dage efter valget og lovede at fortsætte sin modstand mod militærstyre.