Den 15. april, seks uger efter at Andrew Johnson blev svoret ind som vicepræsident for De Forenede Stater, blev Abraham Lincoln myrdet. Hvis lejemorderens plot var gået som planlagt, ville også Johnson, Ulysses S. Grant og udenrigsminister William Seward være dræbt. Som det viste sig, mistede medkonspirator George Atzerodt, der havde forfulgt vicepræsidenten, nerven i sidste øjeblik.
Et par timer efter Lincolns død sværdede øverste dommer Salmon P. Chase Johnson som Præsident for De Forenede Stater. Republikanerne var lettet over, at Johnson ikke var blevet dræbt og kunne give kontinuitet; de troede, at han ville være kittet i deres hænder og ville følge diktaterne fra de republikanske kongresledere. De tog fejl. Og den deraf følgende konflikt mellem præsident og kongres førte til den første præsidentskyldning i amerikansk historie.
I Johnsons sind, spørgsmålet om, hvad man skal gøre med de besejrede sydlige stater var enkle: pålæg betingelser ved deres tilbagevenden til fuld stående, såsom den uigenkaldelige afskaffelse af slaveri, men indfør ikke sort stemmeret som en betingelse for tilbagetagelse.
Mange radikale republikanere havde antaget, at Johnson delte deres brede og ekspansive koncept med føderal magt og deres forpligtelse til politisk lighed for sorte. Men med undtagelse af retten til at gå ud, havde Johnson altid troet på staters “rettigheder. Han fulgte Lincolns tidligere begrundelse om, at selv om individuelle “forrædere” skulle straffes, havde staterne aldrig lovligt forladt Unionen eller afgivet deres rettigheder til at styre deres egne anliggender. I Johnsons sind var spørgsmålet om, hvad de skulle gøre med de besejrede. Sydlige stater var enkle: pålæg betingelser, når de vender tilbage til fuld status, såsom uigenkaldelig afskaffelse af slaveri, men indfør ikke sort stemmeret som en betingelse for tilbagetagelse.
Ikke overraskende, da kongressen kom sammen igen i december, etablerede det republikanske flertal et Fælles genopbygningsudvalg for at undersøge Johnsons politikker og stemte for ikke at optage de nyvalgte sydlige repræsentanter eller anerkende de nyligt genoprettede statsregeringer som gyldige. Kongressen og præsidenten kolliderede konstant i løbet af de næste to år.
Den 2. marts 1867, efter store republikanske sejre i valgperioden 1866, flyttede kongressen til at begrænse Johnsons beføjelser på flere måder. Command of the Army Act pålagde præsidenten at udstede ordrer kun gennem hærens general, derefter Ulysses S. Grant, som ikke kunne fjernes eller sendes uden for Washington uden tilladelse fra senatet. Samme dag vedtog kongressen loven om embedsperiode, der forbød præsidenten at fjerne visse føderale embedsmænd senatorisk godkendelse.
I slutningen af 1867 holdt de fleste sydlige stater forfatningsmæssige konventioner, og alle blev domineret af en republikansk koalition bestående af hvide sydboere, der støttede genopbygning, nordlige transplantationer mod syd og de nyligt franchiserede frigivne. Mellem 22. og 25. juni 1868 godkendte kongressen syv sydlige stater – Arkansas, Alabama, Florida, Georgia, Louisiana, North Carolina og South Carolina – til fuld status i Unionen.
Johnsons vetoer o f Genopbygningsakterne forsøgte at forhindre radikal genopbygning ved at forbinde den med hævn, underkastelse og uenighed. Han kaldte kongresprogrammet en øvelse i “absolut despotisme”, der ville “afrikanisere” syd, og han hævdede gentagne gange, at genforeningen i Nord og Syd ville have været “let og sikkert”, hvis kun Kongressen ikke havde trodset ham. troede, at han repræsenterede viljen hos de hvide masser i både Nord og Syd, Johnson var ude af trit med den offentlige mening, og Kongressen overstyrede let sine vetoer.
Grundigt blokeret ved hver tur, Johnson følte, at han ikke havde nogen andet valg end at udfordre det, han anså for at være tilnærmelsen af præsidentens autoritet i loven om embedsperiode. Under forståelse af, at han risikerede forfølgelse, udfordrede Johnson handlingen ved at afskedige krigsminister Edwin Stanton den 12. august 1867, mens kongressen var ude af session Han udnævnte derefter general Grant som midlertidig krigsminister. Da kongressen kom sammen igen i december, forelagde Johnson sine grunde til senatet, men senatet nægtede at være enig med afskedigelsen i henhold til lovens bestemmelser. Grant brød med præsidenten.Krisen flammede imidlertid op igen den 21. februar 1868, da Johnson afskedigede Stanton igen. Den 24. februar 1868 stemte huset for at anklage Johnson ved en stemme på 126 mod 47 uden først at afholde høringer eller have specifikke anklager mod ham. Huset trak derefter elleve anklager mod præsidenten op, primært forbundet med hans påståede overtrædelser af loven om embedsperiode og kommandoen over hærens lov, men også med anklager om, at hans handlinger havde bragt formandskabets skændsel og latterliggørelse.
Lederne for Repræsentanternes Bekæmpelsesudvalg præsenterede artiklerne for senatet til retssag den 4. marts, og retssagen begyndte med åbningserklæringer den 30. marts, ledet af Chief Justice Chase. Johnsons juridiske rådgiver argumenterede for, at Johnson havde fyret Stanton for at teste forfatningsmæssigheden af loven om embedsperiode, og at hans handling hverken udgjorde en høj forbrydelse eller en forseelse ved nogen fornuftig definition af vilkårene. Afstemning den 16. maj undlod Senatet at dømme Johnson med en stemme af de nødvendige to tredjedele – 35 stemmer mod 19 stemmer. To efterfølgende stemmesedler den 26. maj gav de samme resultater, og senatet blev udsat som en domstol for anklagelse.
Indsigelsen af Andrew Johnson involverede komplicerede spørgsmål om lov, politik og personligheder. I hjertet lå de næsten uoprettelige forbindelser mellem præsident Johnson og kongressen om, hvilket regeringsorgan der skulle føre tilsyn med genopbygningen. Dette spørgsmål om konkurrerende myndighed maskerede dog et mere grundlæggende spørgsmål: Kongressen havde instrueret th den amerikanske hær til at gennemføre en politik, som dens øverstbefalende heftigt modsatte sig. I direkte overtrædelse af kongressens hensigt og Command of Army Act, havde Johnson brugt sommeren 1867, da kongressen ikke var i session, til at fjerne flere militære ledere til fordel for officerer, der mere støttede det hvide styre i Syd. Senere forsøgte han at skabe en “Atlanterhavshær”, med hovedkontor i nationens hovedstad, som et middel til at skræmme sine modstandere i Kongressen. Han så, at Johnson brugte hæren til at spille politik og dermed bringe soldaternes liv i fare i i marken vendte Grant sig imod præsidenten.
Hovedspørgsmålet var Johnsons tab af støtte inden for kongrespartiets flertal. Næsten alle republikanere var enige om, at Johnson var fuldstændig uegnet til kontor. Republikanerne mente, at Johnson havde vanæret regeringen og partiet og abdikerede den moralske høje grund, som Unionen og republikanerne havde vundet i krigen.
Men det var ikke klart uoverdragelige lovovertrædelser, og denne usikkerhed fungerede til præsidentens favør. Da ingen vicepræsident var blevet valgt efter Johnsons opstigning til formandskabet, ville hans efterfølger have været Benjamin Wade, præsident for Senatet, en ekstrem radikal om genopbygning og en blødt penge, pro-arbejdende politiker frygtet af mange nordlige forretningsfolk. Med senator Wade i vingerne var mange Johnson-modstandere tøvende med at stemme for at dømme, især dem der troede, at hvis Wade overtog formandskabet, ville han muligvis prøve nomineringen i 1868 og dermed blokere general Grant. Også Chief Justice Chase nægtede at tillade afvigelse fra anklagerne at diskutere eller medtage bredere politiske spørgsmål.
Mange senatrepublikanere havde besluttet at gøre det til en tæt afstemning, men ikke en overbevisning.
Til sidst blev de syv republikanere, der stemte for at frikende – de fleste af dem tilhængere af Grant – lydløst støttet af deres moderate partikollegaer. Senatets republikanere havde besluttet at gøre det til en tæt afstemning, men ikke til en kon fiktion, især når det blev klart, at hvis Johnson blev frikendt, var han parat til at ophøre med sine obstruktive måder resten af sin periode og stoppe hans indblanding i genopbygningen og med militærkommandørerne og krigsafdelingen.
Den endelige afstemning opretholdt princippet om, at kongressen ikke skulle fjerne præsidenten fra sit embede, simpelthen fordi dets medlemmer var uenige med ham om politik, stil og administration. Men det betød ikke, at præsidenten bevarede regeringsmagt. I resten af sin periode var Johnson en chiffer uden indflydelse på den offentlige orden. Mellem hans formandskab og århundredskiftet blev der indført et “svagt formandskab” -styringssystem, som Woodrow Wilson omtalte i 1870erne som “Kongresregering”, fordi landet efter Johnson-sammenbruddet virkelig blev ledet af kongressens komitéledere og kabinetssekretærer.