Teorie zárodků, v medicíně teorie, že určitá onemocnění jsou způsobena invazí mikroorganismů do těla, organizmy příliš malé na to, aby byly viditelné, kromě mikroskopu . Velkou zásluhu na vývoji a přijetí této teorie má francouzský chemik a mikrobiolog Louis Pasteur, anglický chirurg Joseph Lister a německý lékař Robert Koch. V polovině 19. století Pasteur ukázal, že fermentace a hniloba jsou způsobeny organismy ve vzduchu; v 60. letech 19. století společnost Lister způsobila revoluci v chirurgické praxi využitím kyseliny karbolové (fenol) k vyloučení choroboplodných zárodků a zabránění hnilobě zlomenin kostí; a v 80. letech 19. století Koch identifikoval organismy způsobující tuberkulózu a choleru.
Ačkoli teorie zárodků byla dlouho považována za prokázanou, její úplné důsledky pro lékařskou praxi nebyly okamžitě patrné; krvavé šaty byly považovány za vhodný oděv na operačním sále i na konci 70. let 19. století a chirurgové operovali bez masek nebo pokrývky hlavy až v 90. letech 18.