Duchovní probuzení
Je to známější druhé období Ignácova života, ve kterém se obrátil k životu svatému. Po ošetření v Pamploně byl v červnu 1521 transportován do Loyoly. Tam se jeho stav stal tak vážným, že se na nějakou dobu myslelo, že zemře. Když byl mimo nebezpečí, rozhodl se podstoupit bolestivý chirurgický zákrok, aby napravil chyby provedené při prvním zasazení kosti. Výsledkem byla rekonvalescence trvající několik týdnů, během níž si přečetl Kristův život a knihu o životě svatých, jediné čtecí materiály, které hrad poskytoval. Čas také prošel vzpomínkou na příběhy o bojové srdnatosti a přemýšlením o velké paní, kterou obdivoval. V raných fázích tohoto vynuceného čtení byla jeho pozornost zaměřena na svaté. Verze životů svatých, kterou četl, obsahovala prology různých životů cisterciáckého mnicha, který pojal službu Bohu jako svaté rytířství. Tento pohled na život hluboce pohnul a přitahoval Ignáce. Po mnoha úvahách se rozhodl napodobit svatá askezi svatých, aby učinil pokání za své hříchy.
V únoru 1522 se Ignatius rozloučil se svou rodinou a odešel do Montserratu, poutního místa v severovýchodním Španělsku. Strávil tři dny vyznáváním hříchů celého svého života, zavěsil meč a dýku poblíž sochy Panny Marie jako symboly svých opuštěných ambicí a oblečený v pytlovinách strávil noc 24. března v modlitbě. Následujícího dne odjel do Manresy, města 48 km od Barcelony, aby prošel rozhodující měsíce své kariéry, od 25. března 1522 do poloviny února 1523. Žil jako žebrák, jedl a střídmě pil , bičoval se a nějaký čas si vlasy nečesal ani nezastřihoval a nehty si nestříhal. Denně chodil na mše a strávil sedm hodin modlitbou, často v jeskyni před Manresou.
Pobyt v Manresě byl poznamenán jak duchovními zkouškami, tak radostí a vnitřním světlem. Když jednoho dne seděl na břehu řeky Cardoner, „oči jeho porozumění se začaly otevírat a aniž by viděl jakoukoli vizi, pochopil a věděl mnoho věcí, stejně tak duchovních jako věcí víry“ (Autobiografie, 30) V Manresě načrtl základy své malé knihy Duchovní cvičení. Až do konce studia v Paříži (1535) k ní přidával další doplňky. Poté došlo pouze k drobným změnám, dokud ji papež Pavel III. V roce 1548 neschválil Duchovní cvičení jsou příručkou duchovních paží, která obsahuje vitální a dynamický systém duchovna. Během svého života jej Ignác používal k duchovnímu ústupu ostatním, zejména svým následovníkům. Brožura je skutečně adaptací evangelií pro tato ústupky.
Zbývající část rozhodujícího období byla věnována pouti do Jeruzaléma: Ignác opustil Barcelonu v březnu 1523 a cestoval po Římě, Benátkách a na Kypru a do Jeruzaléma dorazil 4. září. Rád bych se tam trvale usadil, ale františkánští strážci svatyní latinského kostela tento plán neposlouchali. Po návštěvě Betánie, Olivetské hory, Betléma, řeky Jordán a hory Pokušení, Ignatius opustil Palestinu 3. října a prošel Kyprem a Benátkami do Barcelony v březnu 1524.