Občanská válka
Mezitím Pompeius sledoval zvenčí římských zdí, jak se anarchie ve městě stává denně nesnesitelnější. Byl připraven počkat, aniž by se zavázal, dokud Optimatové shledají spojenectví s ním nevyhnutelné. Odmítl další nabídky manželského svazku od Caesara. Již v 54 letech se v Římě hovořilo o diktatuře Pompeye. Pouliční násilí znemožnilo uspořádat volby. V lednu 52 byl Clodius zabit ozbrojenými stoupenci Tituse Anniuse Mila, proti jehož kandidatuře na konzulát se hořce stavěli Pompeius i Clodius. Nyní obě frakce explodovaly do ještě většího násilí. Dům senátu byl davem vypálen. Bez vyšších soudců v úřadu musel Senát vyzvat Pompeye, aby nastolil pořádek. Byla to hodina, na kterou čekal. Rychle svolal vojáky z Itálie. Šlechtici by ho neměli jako diktátora; mysleli si, že je bezpečnější jmenovat jej jediným konzulem.
Pompeiova legislativa z roku 52 odhaluje jeho skutečný zájem na reformě a duplicitu jeho chování vůči Caesarovi. Reformoval postup u soudu a vytvořil skupinu vážených porotců. Přísný zákon proti úplatkářství při volbách byl retrospektivně přijat k 70 a u všech Pompeyových protestů byl právem přijat Caesarovými přáteli tak, jak byl namířen proti němu. Další užitečný zákon vynucoval pětiletý interval mezi držbou soudců v Římě a převzetím provinčních příkazů. Ale tento a další zákon, který v nepřítomnosti zakazoval kandidaturu, účinně zničil důvod Caesarova očekávání, že by se měl stát určeným konzulem a tak v bezpečí před stíháním, než bude muset rozpustit svou armádu v Galii. V letech 51–50 bylo učiněno několik pokusů o odvolání Caesara před vypršením jeho druhého funkčního období v Galii. Frustrovala je asertivita Caesarovy frakce a agentů v Římě. Pompey navzdory svému rostoucímu strachu a podezření z Caesarových ambicí vyšel otevřeně proti Caesarovi až koncem roku 51, kdy najednou objasnil své úmysly. Prohlásil, že nebude uvažovat o návrhu, aby se Caesar stal určeným konzulem, zatímco bude stále ve vedení své armády. Jeho návrhy na datum kompromisu pro Caesarovo odvolání byly pro Caesara nepřijatelné, jehož jediným zdrojem nyní bylo použít bohatství, které nashromáždil v Galii, na nákup mužů, kteří by mohli bránit jeho nepřátelům v Senátu. Když přišla válka, Senát byl rovnoměrně rozdělen mezi Caesara a Pompeye. Konzulární konzulát byl pevně pro Pompeye, i když ho viděli jednoduše jako menší zlo. Pozdní v roce 50 konzul Gaius Marcellus, který nepřinutil Senát, aby prohlásil Caesara za veřejného nepřítele, navštívil Pompeye s navrženými konzuly a vložil mu do rukou meč. Pompeius přijal jejich pozvání k vybudování armády a obraně státu. Caesar pokračoval v nabídce kompromisních řešení a připravoval se na stávku. 7. ledna 49 Senát konečně rozhodl o válečném stavu. O čtyři dny později Caesar překročil Rubikon.
Strategickým plánem Pompeia bylo opustit Řím a Itálii Caesarovi a spoléhat se na jeho velení nad mořem a východními zdroji, aby vyhladověl Caesarians v Itálii, ale on neměl disciplinovanou loajalitu a plnou spolupráci svých spojenců Optimate a Caesarův rychlý postup na jih jen nezabránil jeho stažení z Itálie. Napříč Jadranem v Dyrrhachiu (nyní Durrës v Albánii) byla moudrost Pompeyovy strategie jasná. Caesar se po pronásledování nebezpečným přechodem ocitl odříznut od své základny v Itálii po moři a čelil nadřazeným pozemním silám. Pompey však nakonec musel opustit námořní blokádu zbytku Caesarových sil v Brundisiu a nezabránil jejich přechodu, aby se připojili k Caesarovi. Caesarova armáda byla odrazena při útoku na Pompeyův tábor v Dyrrhachiu a Caesar byl nucen přesunout se na východ do Thesálie. Pompey ho následoval a spojil své síly s tamní armádou Senátu pod Scipiem, čímž se Caesarova pozice stala neudržitelnou. V tomto okamžiku se Pompey pod tlakem svých spojenců Optimate rozhodl pro bitvu, což bylo dost rozumné rozhodnutí, pokud jeho protivník nebyl geniálním velitelem. Pompeius utrpěl katastrofální porážku na planině Pharsalus (48). Když nepřítel zaútočil, uprchl ze svého tábora a vydal se na pobřeží. Jeho příznivci se měli shromáždit a zapojit Caesara do namáhavých bojů v Africe, Španělsku a na východě po další tři roky, ale Pompey se už v tomto boji nedožil. Rychle pronásledovaný Caesarovým pronásledováním ztratil kontakt se svou vlastní flotilou. Přešel na jih do Cilicie, na Kypr a do Egypta. Rozhodl se přistát na Pelusiu a požádat o pomoc Ptolemaia, svého bývalého klienta. Král pochodoval dolů k pobřeží, zdánlivě ho přivítat, ale on a jeho rádci se rozhodli neriskovat urážku vítězného Caesara.Pompeiova malá eskadra ležela na moři, zatímco Pompeius se rozloučil se svou ženou Cornelií a vyhověl zákeřnému pozvání ke vstupu, spolu s několika společníky, vyslaným malým člunem, který ho přivedl na přistání. Když se chystal vystoupit na břeh, byl zrádně sražen a zabit (28. září 48 př. N. L.).