Za účelem oslav matematiky v novém tisíciletí založil Clay Mathematics Institute of Cambridge, Massachusetts (CMI) sedm problémů s cenami. Ceny byly koncipovány tak, aby zaznamenávaly nejobtížnější problémy, s nimiž se matematici potýkali na přelomu druhého tisíciletí; upozornit širokou veřejnost na skutečnost, že v matematice je hranice stále otevřená a oplývá důležitými nevyřešenými problémy; zdůraznit význam práce na řešení nejhlubších a nejobtížnějších problémů; a ocenit úspěchy v matematice historického rozsahu.
Ceny byly vyhlášeny na setkání v Paříži, které se konalo 24. května 2000 na Collège de France. Byly prezentovány tři přednášky: Timothy Gowers hovořil na téma Důležitost matematiky; Michael Atiyah a John Tate hovořili o samotných problémech.
Sedm problémů s cenou tisíciletí vybrala zakládající vědecká poradní rada CMI, která se radila s předními světovými odborníky. Správní rada se zaměřila na důležité klasické otázky, které odolávají řešení po mnoho let.
Na základě rozhodnutí vědecké poradní rady představenstvo CMI určilo fond odměn ve výši 7 milionů USD na řešení tyto problémy s částkou 1 milion $ přidělenou na řešení každého problému.
Je třeba poznamenat, že jeden ze sedmi problémů s cenou tisíciletí, Riemannova hypotéza, formulovaná v roce 1859, se také objevuje v seznamu dvaceti tři problémy projednané na adrese, kterou v Paříži přednesl David Hilbert 9. srpna 1900.
Pravidla pro udělování ceny jsou schválena Vědeckou poradní radou CMI a souhlasem ředitelů. Členové těchto rad mají odpovědnost za zachování povahy, celistvosti a ducha této ceny.