15. dubna, šest týdnů poté, co přísahal Andrew Johnson jako viceprezident USA, byl zavražděn Abraham Lincoln. Kdyby vražedné spiknutí proběhlo podle plánu, byli by zabiti i Johnson, Ulysses S. Grant a ministr zahraničí William Seward. Jak se ukázalo, spoluspiklenec George Atzerodt, který pronásledoval viceprezidenta, ztratil nervy na poslední chvíli.
Několik hodin po Lincolnově smrti hlavní soudce Salmon P. Chase přísahal Johnsonovi jako Prezident Spojených států. Republikánům se ulevilo, že Johnson nebyl zabit a mohl zajistit kontinuitu; mysleli si, že bude v jejich rukou tmel a bude se řídit diktáty republikánských vůdců Kongresu. Mýlili se. A výsledný konflikt mezi prezidentem a Kongresem vedl k prvnímu obžalobě prezidenta v amerických dějinách.
V Johnsonově mysli je otázka, co dělat s poražené jižní státy byly jednoduché: uložit po svém návratu do plného stavu podmínky, jako je neodvolatelné zrušení otroctví, ale neukládat černé volební právo jako podmínku zpětného převzetí.
Mnoho radikálních republikánů předpokládalo, že Johnson sdílí jejich široký a expanzivní koncept federální moci a jejich závazek k politické rovnosti černochů. S výjimkou práva na vystoupení však Johnson vždy věřil v práva států. Řídil se dřívějšími Lincolnovými úvahami, že zatímco jednotliví „zrádci“ by měli být potrestáni, státy nikdy legálně neopustily Unii ani se nevzdaly svých práv na správu svých vlastních záležitostí. V Johnsonově mysli je otázka, co dělat s poraženými Jižní státy byly jednoduché: uložit po svém návratu do plného stavu podmínky, jako je neodvolatelné zrušení otroctví, ale neukládat černé volební právo jako podmínku zpětného přebírání.
Není divu, že když se v prosinci znovu sešel kongres, většina republikánů vytvořila Společný výbor pro rekonstrukci, aby prozkoumal politiku Johnsona a hlasoval, aby nepřijal nově zvolené jižní zástupce nebo neuznal nově obnovené státní vlády za platné. Kongres a prezident se během následujících dvou let neustále střetávali.
2. března 1867, po velkých republikánských vítězstvích v off-year volbách roku 1866, Kongres přistoupil k omezení Johnsonových pravomocí několika způsoby. Velení zákona o armádě nařídilo prezidentovi vydávat rozkazy pouze prostřednictvím generála armády, poté Ulyssese S. Granta, kterého nebylo možné bez povolení Senátu odstranit ani poslat mimo Washington. Ve stejný den přijal Kongres zákon o držbě úřadu, který prezidentovi zakazoval odvolávat některé federální úředníky bez senátorské schválení.
Koncem roku 1867 měla většina jižních států ústavní konvence a ve všech dominovala republikánská koalice složená z bílých Jižanů podporujících rekonstrukci, severních transplantací na jih a nově osvobozených osvobozenců. Mezi 22. a 25. červnem 1868 Kongres předal sedmi jižním státům – Arkansasu, Alabamě, Floridě, Gruzii, Louisianě, Severní Karolíně a Jižní Karolíně – plné postavení v Unii.
Johnsonova veta o Zákony o rekonstrukci se pokusily radikální rekonstrukci předcházet tím, že ji spojily s pomstou, podmaněním a rozštěpením. Kongresový program nazval cvičením „absolutního despotismu“, které by „afrikanizovalo“ jih, a opakovaně tvrdil, že znovusjednocení severu a jihu by bylo „snadné a jisté“, kdyby mu Kongres neodporoval. věřil, že reprezentuje vůli mas bílých na severu i jihu, Johnson byl mimo krok s veřejným míněním a Kongres snadno přehlasoval jeho veta.
Důsledně blokován na každém kroku, Johnson cítil, že nemá žádné Volba, ale zpochybnit to, co považoval za uzurpaci prezidentské autority v zákoně o funkčním období. Pochopením toho, že riskoval obžalobu, Johnson napadl tento akt tím, že 12. srpna 1867 propustil ministra války Edwina Stantona, zatímco Kongres byl mimo zasedání Poté jmenoval prozatímního generála Granta ministr války. Když se v prosinci znovu sešel Kongres, Johnson předložil své důvody Senátu, ale Senát odmítl souhlasit s propuštěním podle ustanovení zákona. Grant se rozešel s prezidentem.Krize znovu propukla 21. února 1868, kdy Johnson Stantona ještě jednou propustil. 24. února 1868 sněmovna hlasovala pro obžalobu Johnsona poměrem hlasů 126 až 47, aniž by nejprve uspořádala slyšení nebo měla proti němu konkrétní obvinění. Sněmovna následně vznesla proti prezidentovi jedenáct obžalob, zejména v souvislosti s jeho údajným porušením zákona o držbě úřadu a zákona o velení armády, ale také s obviněním, že jeho činy přinesly prezidentovi ostudu a výsměch.
Manažeři obžalovacího výboru Sněmovny reprezentantů předložili články Senátu k soudu 4. března a proces začal úvodními prohlášeními 30. března, kterému předsedal předseda Nejvyššího soudu Chase. Johnsonův právní zástupce tvrdil, že Johnson propustil Stantona, aby otestoval ústavnost zákona o držbě úřadu, a že jeho čin nepředstavoval ani vysokou kriminalitu, ani přestupek na základě rozumné definice pojmů. Hlasováním 16. května Senát neuspěl odsoudit Johnsona jedním hlasem ze dvou třetin – 35 hlasů proti 19 hlasům. Dva následné hlasování 26. května přinesly stejné výsledky a Senát byl odročen jako obžalovací soud.
Obžaloba Andrewa Johnsona zahrnoval komplikované otázky práva, politiky a osobností. V jeho srdci stály téměř nenapravitelné vztahy mezi prezidentem Johnsonem a Kongresem, nad kterými vládními agenturami by měl dohlížet na rekonstrukci. Tato otázka konkurenční autority však zakrývala zásadnější problém: Kongres nařídil th Americká armáda zavedla politiku, proti které se její vrchní velitel důrazně postavil. V přímém rozporu se záměrem Kongresu a zákonem o velení armády použil Johnson v létě roku 1867, kdy Kongres nebyl na zasedání, k odstranění několika vojenských velitelů ve prospěch důstojníků, kteří více podporovali bílou vládu na jihu. Později se pokusil vytvořit „armádu Atlantiku“ se sídlem v hlavním městě národa jako prostředek k zastrašování svých oponentů v Kongresu. Viděl, že Johnson využíval armádu k politice, a tím k ohrožení života vojáků v v této oblasti se Grant obrátil proti prezidentovi.
Hlavním problémem byla Johnsonova ztráta podpory u většinové kongresové strany. Téměř všichni republikáni souhlasili s tím, že Johnson je naprosto nevhodný pro úřad. Republikáni cítili, že Johnson zneuctil vládu a stranu a vzdal se morální převahy, kterou Unie a republikáni ve válce vyhráli.
Ale nejednalo se o zjevně neodvolatelné trestné činy, a tato nejistota fungovala ve prospěch prezidenta. Také proto, že po Johnsonově nástupu do prezidentského úřadu nebyl zvolen žádný viceprezident, jeho nástupcem by byl Benjamin Wade, prezident Senátu, extrémní radikál v oblasti rekonstrukce a obávaný politikem pro-labouristů s měkkými penězi mnoho severních podnikatelů. Se senátorem Wadeem v křídlech váhalo mnoho odpůrců Johnsona s hlasováním o odsouzení, zejména ti, kteří si mysleli, že pokud by se Wade ujal prezidentského úřadu, mohl by se o nominaci pokusit v roce 1868, čímž zablokoval generála Granta. Chase odmítl povolit odchylku od poplatků k projednání nebo zahrnutí širších otázek politiky.
Mnoho republikánů v Senátu se rozhodlo hlasovat těsně, ale nikoli přesvědčení.
Nakonec sedm republikánů, kteří hlasovali pro osvobození – většina z nich byla Grantovými příznivci – tiše podporovali jejich umírněné stranické kolegy. Republikáni Senátu se rozhodli hlasovat těsně, ale ne jako podvod Obzvláště poté, co vyšlo najevo, že pokud bude Johnson zproštěn viny, bude připraven na zbytek svého funkčního období ukončit své obstrukční způsoby a zastavit jeho zasahování do Rekonstrukce, vojenských velitelů a ministerstva války.
Při závěrečném hlasování byla zachována zásada, že Kongres by neměl prezidenta odvolat z funkce jednoduše proto, že jeho členové s ním nesouhlasili ohledně politiky, stylu a správy úřadu. Neznamenalo to však, že si prezident zachoval vládnoucí moc. Po zbytek svého funkčního období byl Johnson šifrou bez vlivu na veřejnou politiku. Kromě toho byl mezi jeho prezidentem a přelomem století zaveden „slabý prezidentský“ systém správy věcí veřejných, který Woodrow Wilson v 70. letech 19. století označoval jako „vládu Kongresu“, protože po Johnsonově rozpadu byla země skutečně řízena Kongresem vedoucí výborů a tajemníci kabinetu.