Zdánlivá anarchie tvarů katedrály skrývá srozumitelný plán devíti hlavních kaplí. Na vysoké věži se střechou ve stanu uprostřed se nachází stejnojmenný kostel na přímluvu Matky Boží. Čtyři největší dómy nejvyšší čtyři osmiboké kaple: kostel sv. Cypriána & Justina, kostel Nejsvětější Trojice, kostel ikony sv. Mikuláše Zázračného a kostel vstupu Páně do Jeruzaléma. Konečně jsou mezi nimi čtyři menší kaple. Každá kaple byla vysvěcena na počest události nebo bitvy v boji proti Kazani.
Podle legendy nechal Ivan zaslepit architekty, aby nikdy nemohli postavit nic srovnatelného. Toto je však mýtus, protože záznamy ukazují, že byly použity o čtvrt století později (a čtyři roky po Ivanově smrti), aby do stavby přidaly další kapli.
Kostel sv. Požehnaná, severovýchodní kaple v 1. patře, obsahuje kryptu pokrytou kryptu svého jmenovce, jednoho z nejuznávanějších v Moskvě. Požehnaný Vasilij (Basil) byl znám jako „svatý blázen“, někdy chodil nahý a záměrně se ponižoval pro větší Boží slávu. Byl věřil, že je věštec a zázrak, a dokonce i Ivan Hrozný ho ctil a bál se ho. Tato 10. kaple – jediná na úrovni země – byla přidána v roce 1588, po smrti světce. Hledejte ikonu zobrazující samotného sv. Vasilije s Rudým náměstím a Kremlem v pozadí.