V širším slova smyslu termín „genotyp“ označuje genetickou výbavu organismu; jinými slovy popisuje úplnou sadu genů organismu. v morenarrow smyslu, termín může být používán odkazovat se na alely nebo alternativní formy genu, které jsou přenášeny organismem. Lidé jsou diploidní organismy, což znamená, že mají dvě alely v každé genetické poloze, nebo lokus, s oneallele zděděnou od každý rodič. Každá dvojice alel představuje genotyp konkrétního genu. Například u rostlin hrachu sladkého má gen pro květinové barvy dvě alely. Jedna alela kóduje fialové květy a je reprezentována velkým písmenem F, zatímco druhá kóduje bílou květy a je reprezentován malým písmenem f. Různorodá populace rostlin hrachu hrachového by proto mohla mít na tomto místě tři možné genotypy: FF, Ff nebo ff. Genotyp každé rostliny přispívá k jejímu fenotypu, který je v tomto případě vnější vzhled jeho květiny. Konkrétní genotyp je popsán jako homozygotní, pokud obsahuje dvě identické alely a jako heterozygotní, pokud se tyto dvě alely liší. Proces stanovení genotypu se nazývá genotypizace.