Když byl mikroskop poprvé vynalezen, byl to novinka. Časné příklady se nazývaly bleší nebo létající brýle, protože zvětšovaly ten malý hmyz na to, co se v té době zdálo být velké. Vědci se však této nové technologie neujali.
Biologička Clara Sue Ball zkoumá, proč „raná historie složeného mikroskopu odhaluje mezi vědci podivný nezájem o možnosti nového přístroje.“
První složené mikroskopy se datují rokem 1590. Tato zařízení používají více než jednu čočku, což je krok nad většinou zvětšovacích čoček nebo brýlí. Skutečný vynálezce je zpochybňován, protože na nich pracovalo několik lidí, ale otec a synův tým Hans a Zacharias Jensen se obvykle připisují.
Slovo „mikroskop“ se poprvé objevilo v tisku v roce 1625. A přesto, jak píše Ball, žádné „mikroskopy nebyly skutečně vědecky využívány“ až do roku 1661 , když Marcello Malpighi objevil kapiláry v sušených plicích žáby. Jeho práce by byla bez mikroskopu nemožná. Slavná kniha Roberta Hookeho Micrographia z roku 1665 se svými honosnými ilustracemi drobných věcí potvrdila důležitost nové technologie pro pozorování.
Byl to Holanďan Antony Van Leeuwenhoek, kdo pomocí mikroskopu začal objevovat, nejen větší obrázky věcí. Obchodník se obrátil k výrobě svých vlastních objektivů, které měly až 300násobné zvětšení, což byl obrovský skok v síle většiny předchozích zařízení, z nichž nejlepší byly v rozsahu 20–30 x v životní velikosti. Také jeho zvědavost byla velká. On je připočítán s objevováním bakterií, protistů, hlístic a spermií, mimo jiné. Po sexu prozkoumal a nakreslil „animalcules“ (z latiny „malá zvířata“) svého vlastního spermatu. (Názor paní van Leeuwenhoekové, že se zdá, že slavná událost nebyla hlášena.)
O plaku na zubech van Leeuwenhoek poznamenal, že bakterie se v slině „velmi pěkně pohybovala“, jeden typ prochází „jako štika vodou“.
Takže asi sedmdesát let oddělilo vynález mikroskopu od „jakékoli systematické práce velké a trvalé vědecké hodnoty.“ Ball to připisuje primitivitě časných mikroskopů, které se velmi těžko používaly. Snad ještě důležitější je, že tvrdí, že rozvíjející se biologické vědy, zejména botanika a anatomie – které by později zvětšení tak těžily – nebyly dostatečně pokročilé, aby si uvědomily „význam provedených pozorování.“
Kdyby byli lidé připraveni, byla by technologie zatlačena silněji? Je pozoruhodné, že van Leeuwenhoek byl naprosto neznámý: neměl žádné školení v oblasti přírodní filozofie / přírodní historie, jak se vědy tehdy nazývaly. „Otec mikrobiologie“ byl zcela samouk. V kontextu bohaté holandské sklářské tradice zdokonalil své vlastní čočky, sám je brousil a leštil. Jeho mikroskopy nebyly ani tak složeným typem, jaký používají ostatní; byla zařízení s jedním objektivem, v podstatě mimořádné zvětšovací brýle. Nikdy nepublikoval knihu; záznam o jeho práci je v jeho korespondenci s Královskou společností.
Složené mikroskopy nakonec překonaly zařízení van Leeuwenhoeka. A do padesátých let oba byli standardním vědeckým vybavením v laboratořích a pedagogicko-zábavním pohotovostním režimem ve viktoriánských domech střední třídy, kde si zvířecí žáci vzali svůj vlastní život.