Risveglio spirituale
È il secondo periodo della vita di Ignazio, in cui si volse verso una vita santa, quella più conosciuta. Dopo le cure a Pamplona, fu trasportato a Loyola nel giugno 1521. Là le sue condizioni divennero così gravi che per un certo periodo si pensò che sarebbe morto. Quando era fuori pericolo, ha scelto di sottoporsi a un doloroso intervento chirurgico per correggere gli errori commessi quando losso è stato fissato per la prima volta. Il risultato fu una convalescenza di molte settimane, durante le quali lesse una vita di Cristo e un libro sulla vita dei santi, lunico argomento di lettura che il castello gli offriva. Passò anche il tempo ricordando storie di valore marziale e pensando a una grande donna che ammirava. Nelle prime fasi di questa lettura forzata, la sua attenzione era concentrata sui santi. La versione delle vite dei santi che stava leggendo conteneva prologhi alle varie vite di un monaco cistercense che concepiva il servizio di Dio come una santa cavalleria. Questa visione della vita commosse e attrasse profondamente Ignazio. Dopo molte riflessioni, decise di imitare le sante austerità dei santi per fare penitenza per i suoi peccati.
Nel febbraio 1522 Ignazio salutò la sua famiglia e andò a Montserrat, un luogo di pellegrinaggio nel nord-est della Spagna. Trascorse tre giorni a confessare i peccati di tutta la sua vita, appese la spada e il pugnale vicino alla statua della Vergine Maria come simboli delle sue ambizioni abbandonate e, vestito di sacco, trascorse la notte del 24 marzo in preghiera. Il giorno successivo si recò a Manresa, una cittadina a 48 km (30 miglia) da Barcellona, per trascorrere i mesi decisivi della sua carriera, dal 25 marzo 1522 a metà febbraio 1523. Visse come un mendicante, mangiò e bevve con parsimonia , si flagellò, e per un po non si pettinò né si tagliò i capelli e non si tagliò le unghie. Ogni giorno partecipava alla messa e trascorreva sette ore in preghiera, spesso in una grotta fuori Manresa.
Il soggiorno a Manresa è stato caratterizzato da prove spirituali, gioia e luce interiore. Mentre era seduto un giorno sulle rive del fiume Cardoner, “gli occhi della sua comprensione cominciarono ad aprirsi e, senza vedere alcuna visione, capì e seppe molte cose, sia cose spirituali che cose di fede” (Autobiografia, 30) A Manresa abbozza i fondamenti del suo libriccino Gli esercizi spirituali. Fino alla fine dei suoi studi a Parigi (1535), continuò ad apportarvi alcune aggiunte. Successivamente ci furono solo piccole modifiche fino a quando Papa Paolo III non lo approvò nel 1548 Gli Esercizi Spirituali sono un manuale di armi spirituali contenente un sistema vitale e dinamico di spiritualità. Ignazio lo usò durante la sua vita per fare ritiri spirituali ad altri, specialmente ai suoi seguaci. Il libretto è davvero un adattamento dei Vangeli per tali ritiri.
Il resto del periodo decisivo fu dedicato a un pellegrinaggio a Gerusalemme. Ignazio lasciò Barcellona nel marzo 1523 e, viaggiando per Roma, Venezia e Cipro, raggiunse Gerusalemme il 4 settembre. Avevamo voluto stabilirvi stabilmente, ma i custodi francescani dei santuari della chiesa latina non vollero ascoltare questo progetto. Dopo aver visitato Betania, il Monte degli Ulivi, Betlemme, il fiume Giordano e il Monte della Tentazione, Ignazio lasciò la Palestina il 3 ottobre e, passando per Cipro e Venezia, raggiunse Barcellona nel marzo 1524.