Aby uczcić matematykę w nowym tysiącleciu, The Clay Mathematics Institute of Cambridge, Massachusetts (CMI) ustanowił siedem problemów z nagrodami. Nagrody zostały pomyślane jako zapis niektórych z najtrudniejszych problemów, z którymi borykali się matematycy na przełomie drugiego tysiąclecia; uświadomienie społeczeństwu faktu, że w matematyce granica jest wciąż otwarta i obfituje w ważne nierozwiązane problemy; podkreślić wagę pracy nad rozwiązaniem najgłębszych, najtrudniejszych problemów; oraz uznanie historycznych osiągnięć w matematyce.
Nagrody zostały ogłoszone na spotkaniu w Paryżu, które odbyło się 24 maja 2000 r. w Collège de France. Wygłoszono trzy wykłady: Timothy Gowers mówił o The Importance of Mathematics; Michael Atiyah i John Tate rozmawiali o samych problemach.
Siedem problemów związanych z nagrodą milenijną zostało wybranych przez założycielską Radę Naukową CMI, która odbyła spotkania z czołowymi ekspertami na całym świecie. Rada skupiła się na ważnych, klasycznych kwestiach, które przez wiele lat nie dawały odpowiedzi.
Po decyzji Rady Naukowej, Rada Dyrektorów CMI wyznaczyła fundusz nagród w wysokości 7 milionów dolarów na rozwiązania te problemy, z 1 milionem dolarów przeznaczonym na rozwiązanie każdego problemu.
Należy zauważyć, że jeden z siedmiu problemów związanych z nagrodą milenijną, hipoteza Riemanna, sformułowana w 1859 roku, również pojawia się na liście dwudziestu trzy problemy omówione w przemówieniu wygłoszonym w Paryżu przez Davida Hilberta 9 sierpnia 1900 r.
Zasady przyznawania nagrody mają aprobatę Naukowej Rady Doradczej CMI i zgodę Dyrektorów. Członkowie tych rad są odpowiedzialni za zachowanie natury, integralności i ducha tej nagrody.