Po upadku Girondins, Montagnardowie musieli stawić czoła zdesperowanym krajom pozycja. Rewolucja, zagrożona od wewnątrz przez ruch na rzecz federalizmu i wojną domową w Wandei na północnym zachodzie, a także zagrożona na granicach przez koalicję antyfrancuską, zmobilizowała swoje zasoby do zwycięstwa. W swoim dzienniku Robespierre zauważył, że potrzebna była „une volonté une” („jedna wola”), a ta dyktatorska władza miała charakteryzować rząd rewolucyjny. Stworzono jego podstawowe organy i postanowił sprawić, by działały.
27 lipca 1793 Robespierre zajął swoje miejsce w Komitecie Bezpieczeństwa Publicznego, który został utworzony w kwietniu. Podczas gdy niektórzy z jego kolegów wyjechali na misje, a inni byli zajęci specjalnymi zadaniami, starał się zapobiec podziałom między rewolucjonistami, polegając na społeczeństwach jakobińskich i komitetach czujności. Odtąd jego działania miały być nieodłączne od działań rządu jako całości. Jako przewodniczący Klubu Jakobinów, a następnie Konwentu Narodowego, potępił plany paryskich radykałów, znanych jako Enragés, którzy wykorzystali niedobór żywności, aby podburzyć sekcje paryskie. Robespierre odpowiedział demonstrantom 5 września, obiecując maksymalne ceny za wszystkie produkty żywnościowe i rewolucyjną milicję do użycia w głębi kraju przeciwko kontrrewolucjonistom i zbieraczom zboża.
W celu doprowadzenia do masowego poboru, dyktatury gospodarczej i całkowitego wojny, poprosił o zintensyfikowanie rządów terroru. Ale on sprzeciwił się bezcelowym egzekucjom, chroniąc tych posłów, którzy protestowali przeciwko aresztowaniu Girondinów i siostry króla. Był zniesmaczony masakrami aprobowanymi przez représentants en mission (członków Konwentu Narodowego wysłanego w celu rozbicia opozycji w prowincjach) i zażądał ich odwołania za „zniesławienie Rewolucji”.
Robespierre poświęcił swój raport z 5 Nivôse, rok II (25 grudnia 1793), uzasadniając zbiorową dyktaturę Konwentu Narodowego, centralizację administracyjną i czystkę władz lokalnych. Protestował przeciwko różnym frakcjom, które zagrażały rządowi. Hébertists, Cordeliers i wszyscy popularni bojownicy wzywali do bardziej radykalnych środków i zachęcali do dechrystianizacji i ścigania zbieraczy żywności. Ich ekscesy przerażały chłopów, których nie mogły być zadowolone dekretami z 8 i 13 Ventôse, rok II (26 lutego i marca 3, 1794), który przewidywał dystrybucję wśród biednych majątku podejrzanych.
Pojawiając się ponownie w klubie Jakobin po miesięcznej chorobie, Robespierre potępił adical rewolucjonista Jacques-René Hébert i jego zwolennicy, którzy wraz z kilkoma zagranicznymi agentami zostali straceni w marcu. Ci, którzy chcieli, jak Georges Danton, powstrzymać panowanie terroru i wojnę, atakowali politykę Komitetu Bezpieczeństwa Publicznego z coraz większą przemocą. Robespierre, choć wciąż się wahał, poprowadził Konwent Narodowy przeciwko tym tak zwanym odpustom. Przywódcy dantonistów i zastępcy, którzy zostali skompromitowani w likwidacji Francuskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej, zostali zgilotynowani 16 Germinal (5 kwietnia).
Deista w stylu Jean-Jacquesa Rousseau Robespierre potępił ruch antychrześcijański i „maskarady” kultu rozumu. W majowym raporcie na Krajowym Konwencie potwierdził istnienie Boga i nieśmiertelność duszy i dążył do zebrania rewolucjonistów wokół obywatelskiej religii i kultu Istoty Najwyższej. O tym, że pozostał niezwykle popularny, świadczą publiczne owacje, jakie otrzymał po nieudanej próbie zamachu na życie Henri Admirata na 3 Prairial (22 maja). Konwent Krajowy wybrał go na prezydenta 16 Prairial ( 4 czerwca), głosami 216 na 220. W tym charakterze poprowadził święto Istoty Najwyższej („Etre suprême”) w Ogrodach Tuileries 20 Prairial (8 czerwca), które miało zapewnić jego wrogom kolejny broń przeciwko niemu.