Teoria zarazków w medycynie, teoria, że niektóre choroby są spowodowane inwazją mikroorganizmów na organizm, organizmy zbyt małe, aby można je było zobaczyć inaczej niż przez mikroskop . Francuskiemu chemikowi i mikrobiologowi Louisowi Pasteurowi, angielskiemu chirurgowi Josephowi Listerowi i niemieckiemu lekarzowi Robertowi Kochowi przypisuje się wiele zasług za opracowanie i akceptację tej teorii. W połowie XIX wieku Pasteur wykazał, że fermentację i gnicie powodują organizmy w powietrzu; w latach 60. XIX wieku Lister zrewolucjonizował praktykę chirurgiczną, wykorzystując kwas karbolowy (fenol) w celu wykluczenia drobnoustrojów atmosferycznych, a tym samym zapobieżenia gniciu w złożonych złamaniach kości; aw latach osiemdziesiątych XIX wieku Koch zidentyfikował organizmy wywołujące gruźlicę i cholerę.
Chociaż teoria zarazków od dawna uważana jest za udowodnioną, jej pełne konsekwencje dla praktyki medycznej nie były od razu widoczne; zakrwawione surduty uważano za odpowiedni strój na salę operacyjną nawet pod koniec lat 70. XIX wieku, a chirurdzy operowali bez masek i nakryć głowy dopiero w latach 90. XIX wieku.