Duchowe przebudzenie
Jest to drugi okres w życiu Ignacego, w którym zwrócił się w stronę świętego życia, czyli bardziej znanego. Po leczeniu w Pampelunie w czerwcu 1521 r. Przewieziono go do Loyoli. Tam jego stan stał się tak poważny, że przez pewien czas sądzono, że umrze. Gdy był poza niebezpieczeństwem, zdecydował się przejść bolesną operację, aby naprawić błędy popełnione podczas pierwszego ustawienia kości. Rezultatem była wielotygodniowa rekonwalescencja, podczas której przeczytał życie Chrystusa i książkę o życiu świętych, jedyną lekturę, jaką dysponował zamek. Spędzał też czas na wspominaniu opowieści o waleczności i myśleniu o wielkiej damie, którą podziwiał. We wczesnych stadiach tego wymuszonego czytania, jego uwaga była skupiona na świętych. Wersja życia świętych, którą czytał, zawierała prologi do różnych żywotów cystersów, którzy w służbie Bogu pojmowali świętą rycerskość. Ten pogląd na życie głęboko poruszył i pociągnął Ignacego. Po długich refleksjach postanowił naśladować święte wyrzeczenia świętych, aby pokutować za swoje grzechy.
W lutym 1522 roku Ignacy pożegnał się z rodziną i udał się do Montserrat, miejsca pielgrzymek w północno-wschodniej Hiszpanii. Spędził trzy dni na wyznaniu grzechów całego swojego życia, zawiesił swój miecz i sztylet w pobliżu figury Matki Boskiej jako symbole swoich porzuconych ambicji, a odziany w wór spędził noc 24 marca na modlitwie. Następnego dnia udał się do Manresy, miasta 48 km (30 mil) od Barcelony, aby spędzić decydujące miesiące swojej kariery, od 25 marca 1522 r. Do połowy lutego 1523 r. Żył jako żebrak, jadł i pił oszczędnie. biczował się i przez pewien czas nie czesał, nie przycinał włosów ani nie obcinał paznokci. Codziennie uczęszczał na mszę i spędzał siedem godzin na modlitwie, często w jaskini pod Manresą.
Pobyt w Manresie był naznaczony duchowymi próbami, radością i wewnętrznym światłem. Siedząc pewnego dnia nad brzegiem rzeki Cardoner, „oczy jego wyrozumienia zaczęły się otwierać i nie widząc żadnej wizji, rozumiał i wiedział wiele rzeczy, zarówno duchowych, jak i wiary” (Autobiografia, 30) W Manresie naszkicował podstawy swojej małej książeczki Ćwiczenia duchowe. Do zakończenia studiów w Paryżu (1535) kontynuował pewne uzupełnienia. Potem były tylko drobne zmiany, aż papież Paweł III zatwierdził ją w 1548 r. Ćwiczenia duchowe to podręcznik broni duchowej, zawierający żywy i dynamiczny system duchowości. Ignacy za życia używał go do prowadzenia duchowych rekolekcji dla innych, zwłaszcza dla swoich naśladowców.
Pozostała część decydującego okresu była poświęcona pielgrzymce do Jerozolimy. Ignacy opuścił Barcelonę w marcu 1523 r. i podróżując przez Rzym, Wenecję i Cypr, dotarł do Jerozolimy 4 września. Lubiłam osiedlać się tam na stałe, ale franciszkańscy kustosze sanktuariów kościoła łacińskiego nie chcieli słuchać tego planu. Po wizycie w Betanii, Górze Oliwnej, Betlejem, rzece Jordan i Górze Pokusy, Ignacy opuścił Palestynę 3 października i przejeżdżając przez Cypr i Wenecję, dotarł do Barcelony w marcu 1524 roku.