Wojna domowa
Tymczasem spoza murów Rzymu Pompejusz patrzył, jak anarchia w mieście staje się codziennie bardziej nie do zniesienia. Był gotów czekać, nie angażując się, aż Optymaci uznają sojusz z nim za nieunikniony. Odrzucił dalsze oferty Cezara dotyczące przymierza małżeńskiego. Już w 54 roku mówiono w Rzymie o dyktaturze Pompejusza. Przemoc uliczna uniemożliwiła przeprowadzenie wyborów. W styczniu 52 roku Klodiusz został zabity przez uzbrojonych zwolenników Tytusa Anniusa Milo, którego kandydaturze do konsulatu zaciekle sprzeciwiali się zarówno Pompejusz, jak i Klodiusz. Teraz obie frakcje eksplodowały jeszcze większą przemocą. Siedziba senatu została spalona przez tłum. Wobec braku urzędujących wyższych sędziów Senat musiał wezwać Pompejusza do przywrócenia porządku. To była godzina, na którą czekał. Szybko wezwał wojska z Włoch. Szlachta nie chciała go mieć jako dyktatora; uważali, że bezpieczniej będzie mianować go wyłącznym konsulem.
52 ustawy Pompejusza ujawniają jego autentyczne zainteresowanie reformami i dwulicowość jego postępowania wobec Cezara. Zreformował procedury w sądach i stworzył panel szanowanych ławników. Surowe prawo przeciwko przekupstwu podczas wyborów zostało wprowadzone retrospektywnie do lat 70. i mimo wszystkich protestów Pompejusza zostało słusznie przyjęte przez przyjaciół Cezara jako wymierzone w niego. Inne przydatne prawo wymuszało pięcioletnią przerwę między sprawowaniem urzędów magistrat w Rzymie a przejęciem poleceń prowincjonalnych. Ale to i inne prawo, które zabraniało kandydowania pod nieobecność, skutecznie zniszczyło podstawę oczekiwań Cezara, że powinien zostać wyznaczonym konsulem, a więc zabezpieczonym przed oskarżeniem, zanim będzie musiał rozwiązać swoją armię w Galii. W latach 51–50 podjęto kilka prób przypomnienia Cezara przed upływem jego drugiej kadencji w Galii. Byli sfrustrowani asertywnością frakcji Cezara i agentów w Rzymie. Pompejusz, mimo rosnącego strachu i podejrzeń co do ambicji Cezara, wystąpił otwarcie przeciwko Cezarowi dopiero pod koniec 51 roku, kiedy nagle wyjaśnił swoje zamiary. Oświadczył, że nie weźmie pod uwagę sugestii, że Cezar powinien zostać konsulem, będąc jeszcze dowódcą swojej armii. Jego propozycje kompromisowej daty odwołania Cezara były nie do przyjęcia dla Cezara, którego jedynym zasobem było teraz wykorzystanie bogactwa zgromadzonego w Galii na zakup ludzi, którzy mogliby przeszkodzić jego wrogom w Senacie. Kiedy nadeszła wojna, Senat został równo podzielony między Cezara i Pompejusza. Konsulowie byli za Pompejuszem, chociaż widzieli w nim po prostu mniejsze zło. Pod koniec lat pięćdziesiątych konsul Gaius Marcellus, nie mogąc skłonić Senatu do ogłoszenia Cezara wrogiem publicznym, odwiedził Pompejusza z wyznaczonym konsulem i włożył mu do ręki miecz. Pompejusz przyjął ich zaproszenie do zebrania armii i obrony państwa. Cezar nadal oferował kompromisowe rozwiązania, przygotowując się do uderzenia. 7 i 49 stycznia Senat ostatecznie ogłosił stan wojenny. Cztery dni później Cezar przekroczył Rubikon.
Plan strategiczny Pompejusza polegał na pozostawieniu Rzymu i Włoch na rzecz Cezara i poleganiu na jego dowodzeniu na morzu i zasobach Wschodu, aby zagłodzić Cezarów we Włoszech, ale on nie miał zdyscyplinowanej lojalności i pełnej współpracy swoich sojuszników Optimate, a szybki postęp Cezara na południe tylko nie zdołał zapobiec jego wycofaniu się z Włoch. Po drugiej stronie Adriatyku w Dyrrhachium (obecnie Durrës, Albania) mądrość strategii Pompejusza stała się jasna. Cezar, po niebezpiecznej przeprawie w pościgu, został odcięty od swojej bazy we Włoszech przez morze i stawił czoła przeważającym siłom lądowym. Pompejusz musiał jednak w końcu porzucić swoją morską blokadę pozostałych sił Cezara w Brundisium i nie zdołał przeszkodzić ich przekroczeniu, by dołączyć do Cezara. Armia Cezara została odparta podczas ataku na obóz Pompejusza w Dyrrhachium, a na skutek braku szybkiej decyzji na Zachodzie Cezar był zmuszony ruszyć na wschód do Tesalii. Pompejusz poszedł za nim i połączył siły z armią Senatu pod Scypionem, czyniąc pozycję Cezara nie do utrzymania. W tym momencie Pompejusz, pod naciskiem swoich sojuszników Optimate, zdecydował się na bitwę, która byłaby rozsądną decyzją, gdyby jego przeciwnik nie był genialnym dowódcą. Pompejusz poniósł katastrofalną klęskę na równinie Farsalos (48). Uciekł ze swojego obozu, gdy wróg zaatakował go i udał się na wybrzeże. Jego zwolennicy mieli zgromadzić się i wciągnąć Cezara do zaciętych walk w Afryce, Hiszpanii i na Wschodzie przez kolejne trzy lata, ale Pompejusz nie dożył udziału w tej walce. Pośpieszny pościgiem Cezara stracił kontakt ze swoją flotą. Ruszył na południe, do Cylicji, Cypru i Egiptu. Postanowił wylądować w Pelusium i zwrócić się o pomoc do Ptolemeusza, swojego byłego klienta. Król pomaszerował na wybrzeże, rzekomo by go powitać, ale on i jego doradcy postanowili nie narażać zwycięskiego Cezara.Mała eskadra Pompejusza leżała na morzu, podczas gdy Pompejusz, żegnając się ze swoją żoną, Kornelią, zastosował się do podstępnego zaproszenia do wejścia, wraz z kilkoma towarzyszami, do małej łodzi wysłanej, by zabrać go na ląd. Przygotowując się do wyjścia na brzeg, został zdradziecko powalony i zabity (28 września 48 pne).