15 kwietnia, sześć tygodni po zaprzysiężeniu Andrew Johnsona na wiceprezydenta Stanów Zjednoczonych, Abraham Lincoln został zamordowany. Gdyby spisek zabójcy poszedł zgodnie z planem, Johnson, Ulysses S. Grant i sekretarz stanu William Seward również zostaliby zabici. Jak się okazało, współspiskowiec George Atzerodt, który prześladował wiceprezydenta, stracił nerwy w ostatniej chwili.
Kilka godzin po śmierci Lincolna prezes Sądu Najwyższego Salmon P. Chase przysiągł Johnsona jako Prezydent Stanów Zjednoczonych. Republikanie odetchnęli z ulgą, że Johnson nie został zabity i może zapewnić ciągłość; myśleli, że będzie w ich rękach kit i będzie postępował zgodnie z nakazami przywódców republikańskiego kongresu. Mylili się. A wynikający z tego konflikt między prezydentem a Kongresem doprowadził do pierwszego impeachmentu prezydenta w historii Ameryki.
W opinii Johnsona kwestia, co zrobić z pokonane stany Południa były proste: narzuć warunki ich powrotu do pełnej pozycji, takie jak nieodwołalne zniesienie niewolnictwa, ale nie narzucaj prawa wyborczego Czarnych jako warunku readmisji.
Wielu radykalnych republikanów zakładało, że Johnson podziela ich szeroką i ekspansywną koncepcję władzy federalnej i ich zaangażowanie w polityczną równość Czarnych, ale z wyjątkiem prawa do secesji, Johnson zawsze wierzył w prawa stanów. Podążał za wcześniejszym rozumowaniem Lincolna, że chociaż poszczególni „zdrajcy” powinni zostać ukarani, stany nigdy nie opuściły Unii ani nie zrzekły się swoich praw do zarządzania swoimi sprawami. Zdaniem Johnsona, kwestia, co zrobić z pokonanymi Południowe stany były proste: narzuć warunki po ich powrocie do pełnej pozycji, takie jak nieodwołalne zniesienie niewolnictwa, ale nie narzucaj prawa wyborczego Czarnych jako warunku readmisji.
Nic dziwnego, że kiedy Kongres zebrał się ponownie w grudniu, republikańska większość ustanowiła Wspólny Komitet Odbudowy w celu zbadania polityki Johnsona i głosował za nieprzyjęciem nowo wybranych przedstawicieli Południa lub za uznaniem nowo ustanowionych rządów stanowych za ważne. Kongres i prezydent ścierali się nieustannie przez następne dwa lata.
2 marca 1867 roku, po wielkich zwycięstwach republikanów w wyborach poza rokiem 1866, Kongres postanowił na kilka sposobów ograniczyć uprawnienia Johnsona. Ustawa o Dowództwie Armii poleciła prezydentowi wydanie rozkazów tylko przez Generała Armii, a następnie Ulyssesa S. Granta, którego nie można było usunąć ani wysłać poza Waszyngton bez zgody Senatu. Tego samego dnia Kongres uchwalił ustawę o kadencji, która zabraniała prezydentowi usuwania niektórych urzędników federalnych bez zgody Senatu. aprobata senatora.
Pod koniec 1867 roku większość południowych stanów odbyła konwencje konstytucyjne, a wszystkie z nich były zdominowane przez republikańską koalicję składającą się z białych południowców popierających odbudowę, przeszczepy z północy na południe i nowo uwłaszczonych wyzwoleńców. Między 22 a 25 czerwca 1868 roku Kongres ponownie przyjął siedem południowych stanów – Arkansas, Alabama, Florydę, Georgia, Luizjana, Północna Karolina i Południowa Karolina – do pełnego statusu w Unii.
Weta Johnsona o f Akta Rekonstrukcji próbowały zapobiec radykalnej rekonstrukcji, kojarząc ją z zemstą, ujarzmieniem i niezgodą. Nazywał program kongresu ćwiczeniem w „absolutnym despotyzmie”, który „afrykańizowałby” Południe, i wielokrotnie twierdził, że zjednoczenie Północy i Południa byłoby „łatwe i pewne”, gdyby tylko Kongres nie przeciwstawił mu się. wierzył, że reprezentuje wolę mas białych na północy i południu, Johnson nie zgadzał się z opinią publiczną, a Kongres z łatwością pokonał jego weto.
Całkowicie zablokowany na każdym kroku, Johnson czuł, że nie ma wyboru, ale aby zakwestionować to, co uważał za uzurpację władzy prezydenckiej w ustawie o kadencji. Rozumiejąc, że ryzykował oskarżenie, Johnson zakwestionował ten akt, odwołując Sekretarza Wojny Edwina Stantona 12 sierpnia 1867 r., gdy Kongres był poza sesją Następnie mianował generała Granta tymczasowym sekretarz wojny. Kiedy Kongres zebrał się ponownie w grudniu, Johnson przedstawił swoje powody Senatowi, ale Senat odmówił zgody na odwołanie na podstawie przepisów prawa. Grant zerwał z prezydentem.Jednak kryzys ponownie wybuchł 21 lutego 1868 roku, kiedy Johnson po raz kolejny zwolnił Stantona. W dniu 24 lutego 1868 roku Izba głosowała za oskarżeniem Johnsona głosami 126 do 47 bez uprzedniego przeprowadzania rozpraw lub postawienia mu konkretnych zarzutów. Następnie Izba postawiła wobec prezydenta jedenaście zarzutów, głównie związanych z jego domniemanym naruszeniem Ustawy o kadencji i Ustawie o dowodzeniu armii, ale także z zarzutami, że jego działania przyniosły hańbę i ośmieszenie prezydenta.
Szefowie Komisji ds. Impeachmentu Izby Reprezentantów przedstawili artykuły Senatowi do rozprawy 4 marca, a proces rozpoczął się od oświadczeń otwierających 30 marca, którym przewodniczył Chief Justice Chase. Radca prawny Johnsona argumentował, że Johnson zwolnił Stantona, aby sprawdzić konstytucyjność ustawy o kadencji i że jego działanie nie stanowiło ani wysokiego przestępstwa, ani wykroczenia w sensie rozsądnej definicji tych terminów. Głosowanie 16 maja Senatowi nie udało się skazać Johnsona jednym głosem z dwóch trzecich koniecznych – 35 głosów na 19 głosów. Dwa kolejne głosowania 26 maja dały te same wyniki, a Senat odroczony jako sąd do oskarżenia.
Oskarżenie Andrew Johnsona dotyczyły skomplikowanych kwestii prawa, polityki i osobowości. U ich podstaw leżały niemal nieodwracalne relacje między prezydentem Johnsonem a Kongresem, nad tym, która agencja rządowa powinna nadzorować odbudowę. Kwestia konkurujących władz maskowała jednak bardziej fundamentalną kwestię: Kongres poinstruował th Armia Stanów Zjednoczonych wdrożyła politykę, której jej naczelny dowódca stanowczo sprzeciwiał się. W bezpośrednim pogwałceniu intencji Kongresu i ustawy Command of Army, Johnson wykorzystał lato 1867 r., Kiedy Kongres nie był obradujący, do usunięcia kilku dowódców wojskowych na rzecz oficerów bardziej popierających białe rządy na Południu. Później próbował stworzyć „Armię Atlantyku” z siedzibą w stolicy kraju, w celu zastraszenia swoich przeciwników w Kongresie. Widząc, że Johnson używa armii do uprawiania polityki, narażając w ten sposób życie żołnierzy Grant zwrócił się przeciwko prezydentowi.
Główną kwestią była utrata poparcia przez Johnsona w większości partii kongresowej. Prawie wszyscy republikanie zgodzili się, że Johnson był całkowicie niezdolny do objęcia urzędu. Republikanie uważali, że Johnson zhańbił rząd i partię i zrzekł się moralnego wzniosłości, które Unia i Republikanie wygrali w wojnie.
Ale nie były to w oczywisty sposób przestępstwa bez zarzutu i ta niepewność działała na korzyść prezydenta. Ponadto, ponieważ żaden wiceprezydent nie został wybrany po objęciu przez Johnsona prezydentury, jego następcą zostałby Benjamin Wade, prezydent Senatu, skrajny radykał ds. Odbudowy i polityk o miękkich pieniądzach, pro-robotniczy, którego obawiał się wielu biznesmenów z północy. Z senatorem Wadeem na skrzydłach wielu przeciwników Johnsona wahało się przed głosowaniem za skazaniem, zwłaszcza ci, którzy myśleli, że gdyby Wade objął prezydenturę, mógłby starać się o nominację w 1868 r., blokując w ten sposób generała Granta. Również prezes Sądu Najwyższego Chase odmówił zgody na odstępstwo od zarzutów w celu omówienia lub uwzględnienia szerszych kwestii politycznych.
Wielu republikanów w Senacie zdecydowało się na głosowanie zbliżone, ale nie przekonania.
Ostatecznie siedmiu Republikanów, którzy głosowali za uniewinnieniem – w większości zwolennicy Granta – otrzymało milczące poparcie swoich umiarkowanych kolegów z partii. Republikanie w Senacie zdecydowali, że głosowanie będzie bliskie, ale nie przeciw viction, zwłaszcza gdy stało się jasne, że jeśli Johnson zostanie uniewinniony, był gotów zaprzestać swoich obstrukcyjnych sposobów na resztę swojej kadencji i zaprzestać ingerencji w Rekonstrukcję oraz w dowódców wojskowych i Departament Wojny.
Ostateczne głosowanie utrzymało zasadę, że Kongres nie powinien usuwać Prezydenta ze stanowiska tylko dlatego, że jego członkowie nie zgadzali się z nim co do polityki, stylu i administracji urzędu. Nie oznaczało to jednak, że prezydent zachował władzę. Przez resztę swojej kadencji Johnson był szyfrem bez wpływu na porządek publiczny. Co więcej, między jego prezydenturą a przełomem wieków ustanowiono system rządzenia „słabą prezydencją”, który Woodrow Wilson nazywał w latach siedemdziesiątych XIX wieku „rządem kongresowym”, ponieważ po upadku Johnsona krajem naprawdę rządził przywódcy komisji i sekretarze gabinetów.