Cromwell w parlamencie
Cromwell był już znany w parlamencie w latach 1628–29 jako ognisty i nieco nieokrzesany purytanin, który przypuścił atak na biskupów Karola I. Uważał, że pojedynczy chrześcijanin może nawiązać bezpośredni kontakt z Bogiem poprzez modlitwę i że głównym obowiązkiem duchowieństwa jest inspirowanie świeckich poprzez głoszenie. W ten sposób przyczynił się z własnej kieszeni do poparcia wędrownych protestanckich kaznodziejów lub „wykładowców” i otwarcie okazywał niechęć do swojego lokalnego biskupa w Ely, przywódcy partii Kościoła Wysokiego, która podkreślała znaczenie rytuału i władzy biskupiej. Skrytykował biskupa w Izbie Gmin i został powołany na członka komisji do zbadania innych skarg przeciwko niemu. Cromwell w rzeczywistości nie ufał całej hierarchii Kościoła anglikańskiego, chociaż nigdy nie był przeciwny Kościołowi państwowemu. Opowiadał się zatem za zniesieniem instytucji biskupstwa i zakazem ustalonego rytuału, zgodnie z Księgą Modlitw powszechnych. Uważał, że kongregacje chrześcijańskie powinny mieć możliwość wyboru własnych szafarzy, którzy mieliby im służyć głoszeniem i doraźną modlitwą.
Wybór Cromwella do Parlamenty z 1640 r. (Patrz Krótki Parlament; Długi Parlament) dla dzielnicy Cambridge były z pewnością wynikiem bliskich powiązań między nim a radykalnymi purytanami w radzie miasta. W parlamencie umocnił swoją reputację jako religijnego pasjonata, promując radykalne reformy. W rzeczywistości był zbyt szczery dla przywódców opozycji, którzy po pierwszych miesiącach długiego parlamentu przestali go używać jako rzecznika.
Rzeczywiście, chociaż Cromwell podzielał żale swoich kolegów posłów na temat podatki, monopole i inne obciążenia nakładane na ludzi, to jego religia po raz pierwszy postawiła go w opozycji do rządu królewskiego. Kiedy w listopadzie 1641 roku Jan Pym i jego przyjaciele przedstawili królowi Karolowi I „Wielką Remonstrancję”, składającą się z ponad 200 klauzul, wśród których była jedna potępiająca biskupów „i skorumpowaną część duchowieństwa, ceniącą formalność i przesądy” na poparcie o ich własnej „kościelnej tyranii i uzurpacji”, Cromwell oświadczył, że gdyby Izba Gmin nie przyjęła jej, sprzedałby wszystko, co miał, „następnego ranka i nigdy więcej nie zobaczyłby Anglii”.
Remonstrance nie został zaakceptowany przez króla, a przepaść między nim a jego czołowymi krytykami w Izbie Gmin poszerzyła się. Miesiąc później Karol bezskutecznie próbował aresztować pięciu z nich za zdradę: Cromwell nie był jeszcze na tyle znaczący, aby znaleźć się wśród nich. Ale kiedy w 1642 roku król opuścił Londyn, aby zebrać armię, a wydarzenia przesunęły się w stronę wojny domowej, Cromwell zaczął wyróżniać się nie tylko jako szczery purytanin, ale także jako praktyczny człowiek zdolny do organizacji i przywództwa. W lipcu uzyskał zgodę Izby Gmin na zezwolenie swojemu okręgowi wyborczemu Cambridge na tworzenie i zbrojenie kompanii dla jego obrony, w sierpniu sam pojechał do Cambridge, aby uniemożliwić kolegiom wysłanie ich talerza do stopienia na korzyść króla Gdy tylko wojna się rozpoczęła, zaciągnął oddział kawalerii w rodzinnym mieście Huntingdon. Jako kapitan po raz pierwszy pojawił się ze swoim oddziałem w końcowej fazie bitwy pod Edgehill (23 października 1642 r.), W której Robert Devereux, 3. hrabia Essex, był naczelnym dowódcą parlamentu w pierwszym dużym starciu wojny.