Nonsyndromic holoprosencephaly to anormalność mózgu 
, która wpływa również na głowę i twarz. Zwykle mózg dzieli się na dwie połowy (półkule ) podczas wczesnego rozwoju. Holoprosencefalia występuje, gdy mózg nie dzieli się prawidłowo na prawą i lewą półkulę. Ten stan nazywa się niesyndromiczny, aby odróżnić go od innych typów holoprosencefalii spowodowanych zespołami genetycznymi, nieprawidłowościami chromosomowymi lub substancjami powodującymi wady wrodzone (teratogeny). Nasilenie niesyndromicznej holoprosencefalii różni się znacznie u osób dotkniętych chorobą, nawet w tej samej rodzinie.
Niesyndromiczną holoprosencefalię można podzielić na cztery typy w zależności od stopnia podziału mózgu. Od najbardziej do najmniej poważnych, typy te są znane jako alobar , semi-lobar , lobar i środkowy wariant międzypółkulowy (MIHV). W najcięższych postaciach niesyndromicznej holoprosencefalii mózg w ogóle się nie dzieli. Osoby dotknięte chorobą mają jedno centralne oko (cyklopię) i rurkowatą strukturę nosa (trąbkę) znajdującą się nad okiem. Większość dzieci z ciężką, niesyndromiczną holoprosencefalią umiera przed urodzeniem lub wkrótce po urodzeniu. W mniej poważnych postaciach mózg jest częściowo podzielony, a oczy są zwykle osadzone blisko siebie (hipoteloryzm). Oczekiwana długość życia osób dotkniętych chorobą różni się w zależności od nasilenia objawów.
Osoby z niesyndromiczną holoprosencefalią często mają małą głowę (małogłowie), chociaż mogą powodować gromadzenie się płynu w mózgu (wodogłowie), które powoduje zwiększenie rozmiaru głowy (makrocefalia). Inne cechy mogą obejmować otwór w podniebieniu (rozszczep podniebienia ) z lub bez rozcięcia w górnej wardze (rozszczep wargi ), jeden środkowy przedni ząb zamiast dwóch (pojedynczy środkowy siekacz szczęki ) i płaski grzbiet nosa. Gałki oczne mogą być nienormalnie małe (mikroftalmia) lub nieobecne (anoftalmia).
Niektóre osoby z niesyndromiczną holoprosencefalią mają charakterystyczny wzór rysów twarzy, w tym zwężenie głowy w skroniach , zewnętrzne kąciki oczu skierowane w górę (wznoszące się szczeliny powiekowe ), duże uszy, krótki nos z zadartymi nozdrzami i szeroką i głęboką przestrzenią między nosem a ustami (rynienka ryna). Ogólnie rzecz biorąc, nasilenie rysów twarzy jest bezpośrednio związane z nasileniem nieprawidłowości w mózgu. Jednak osoby z łagodnie zmienionymi rysami twarzy mogą mieć poważne wady mózgu. Niektórzy ludzie nie mają widocznych nieprawidłowości strukturalnych mózgu, ale mają pewne cechy twarzy związane z tym stanem. Uważa się, że osoby te mają postać zaburzenia znanego jako holoprosencefalia mikroformalna i zwykle identyfikuje się je po urodzeniu członka rodziny z poważnym zaburzeniem.
Większość osób z niesyndromiczną holoprosencefalią ma opóźnienie rozwojowe i niepełnosprawność intelektualną. Osoby dotknięte chorobą często mają również wadliwie działającą przysadkę mózgową, która jest gruczołem zlokalizowanym u podstawy mózgu, który wytwarza kilka hormonów. Ponieważ dysfunkcja przysadki prowadzi do częściowego lub całkowitego braku tych hormonów, może powodować różne zaburzenia. Najczęściej u osób z niesyndromiczną holoprosencefalią i dysfunkcją przysadki rozwija się moczówka prosta, stan, który zaburza równowagę między przyjmowaniem płynów a wydalaniem moczu. Dysfunkcja innych części mózgu może powodować drgawki, trudności w karmieniu oraz problemy z regulacją temperatury ciała, tętna i oddychania. Węch może być osłabiony (hiposmia) lub całkowicie nieobecny (anosmia), jeśli część mózgu przetwarzająca zapachy jest słabo rozwinięta lub jej brakuje.