Pozorna anarchia kształtów katedry skrywa zrozumiały plan dziewięciu głównych kaplic. W wysokiej wieży z namiotowym dachem pośrodku znajduje się imiennik kościoła wstawiennictwa Matki Bożej. Cztery największe kopuły znajdują się na szczycie czterech kaplic z ośmiokątnymi wieżami: kościół św. Cypriana & Justiny, kościół Świętej Trójcy, kościół ikony św. Mikołaja Cudotwórcy i kościół o wejściu Pana do Jerozolimy. Wreszcie między nimi znajdują się cztery mniejsze kaplice. Każda kaplica została poświęcona na cześć jakiegoś wydarzenia lub bitwy w walce z Kazaniem.
Legenda głosi, że Iwan oślepił architektów, aby nigdy nie mogli zbudować niczego porównywalnego. Jest to jednak mit, ponieważ zapiski pokazują, że ćwierć wieku później (i cztery lata po śmierci Iwana) zostali zatrudnieni przy dobudowaniu dodatkowej kaplicy.
Kościół św. Błogosławiona, północno-wschodnia kaplica na pierwszym piętrze, zawiera kryptę pokrytą baldachimem jej świętego imiennika, jednej z najbardziej czczonych w Moskwie. Wasilij (Bazyli) Błogosławiony był znany jako „święty głupiec”, czasami chodząc nago i celowo poniżając się dla większej chwały Bożej. Uważano go za jasnowidza i cudotwórcę, a nawet Iwan Groźny szanował go i bał się go. Ta dziesiąta kaplica – jedyna na parterze – została dobudowana po śmierci świętego w 1588 r. Poszukaj ikony przedstawiającej samego św. Wasilija z Placem Czerwonym i Kremlem w tle.