Kiedy mikroskop został wynaleziony, był to nowość. Wczesne przykłady nazywane były okularami pcheł lub much, ponieważ powiększały te małe owady do rozmiarów, które wydawały się wówczas duże. Jednak naukowcy nie byli chętni do nowej technologii.
Biolog Clara Sue Ball bada, dlaczego „wczesna historia mikroskopu złożonego ujawnia dziwny brak zainteresowania naukowców możliwościami nowego instrumentu”.
Pierwsze mikroskopy złożone pochodzą z 1590 roku. Te urządzenia wykorzystują więcej niż jedną soczewkę, o krok wyżej niż większość pojedynczych soczewek powiększających lub okularów. Faktyczny wynalazca jest kwestionowany, ponieważ pracowało nad nimi kilka osób, ale ojciec i syn, Hans i Zacharias Jensen, są zwykle wymieniani.
Słowo „mikroskop” pojawiło się po raz pierwszy w druku w 1625 roku. A jednak, jak pisze Ball, „mikroskop nie został wykorzystany prawdziwie naukowo” aż do 1661 roku. , kiedy Marcello Malpighi odkrył naczynia włosowate w wysuszonym płucu żaby. Jego praca byłaby niemożliwa bez mikroskopu. Słynna książka Roberta Hookea Micrographia z 1665 r., ze wspaniałymi ilustracjami drobiazgów, potwierdziła znaczenie nowej technologii dla obserwacji.
To Holender Antony Van Leeuwenhoek użył mikroskopu, aby zacząć dokonywać odkryć, a nie tylko robić większe zdjęcia rzeczy. Kupiec zwrócił się ku stworzeniu własnych soczewek, które miały powiększenie do 300x, co stanowi ogromny skok mocy w porównaniu z większością poprzednich urządzeń, z których najlepsze były w zakresie 20–30 x rzeczywistej wielkości. Jego ciekawość też była duża. Przypisuje mu się odkrycie między innymi bakterii, protistów, nicieni i plemników. Zbadał i narysował „animalcules” (z łaciny „małe zwierzęta”) z własnego nasienia po stosunku płciowym. (Zdaniem pani van Leeuwenhoek, że sławne zdarzenie nie zostało zgłoszone.)
Jeśli chodzi o płytkę nazębną na jego zębach, van Leeuwenhoek zauważył, że bakteria „bardzo ładnie się poruszała” w ślinie, jeden typ leci „jak szczupak w wodzie”.
Tak więc jakieś 70 lat dzieliło wynalezienie mikroskopu od „wszelkich systematycznych prac o wielkiej i trwałej wartości naukowej”. Ball przypisuje to prymitywizmowi wczesnych mikroskopów, które były bardzo trudne w użyciu. Co być może ważniejsze, twierdzi, że rozwijające się nauki biologiczne, zwłaszcza botanika i anatomia – które później tak bardzo skorzystałyby na powiększeniu – nie były wystarczająco zaawansowane, aby zdać sobie z tego sprawę „znaczenie dokonanych obserwacji”.
Gdyby ludzie byli gotowi, czy technologia nie byłaby mocniej naciskana? Warto zauważyć, że van Leeuwenhoek był całkowicie nieznany: nie miał żadnego wykształcenia w zakresie filozofii przyrody / historii naturalnej, jak wówczas nazywano nauki. „Ojciec mikrobiologii” był całkowicie samoukiem. W kontekście bogatej holenderskiej tradycji szklarskiej doskonalił własne soczewki, sam je szlifując i polerując. Jego mikroskopy nie były nawet mieszankami stosowanymi przez innych; były urządzeniami z pojedynczą soczewką, w zasadzie niezwykłymi szkłami powiększającymi. Nigdy nie opublikował książki; zapis jego pracy znajduje się w jego korespondencji z Towarzystwem Królewskim.
Mikroskopy złożone ostatecznie przewyższyły urządzenia van Leeuwenhoeka. A w latach pięćdziesiątych XIX wieku oba były standardowym wyposażeniem naukowym w laboratoriach i dyżurami pedagogiczno-rozrywkowymi w wiktoriańskich domach klasy średniej, w których żyły zwierzęta żyły własnym życiem.