Aktywizm i areszt domowy
W lipcu 1989 r. Rząd wojskowy nowo nazwanego Związku Myanmar (od 2011 r. Związku Myanmar) umieścił Suu Kyi w areszcie domowym w Yangon (Rangoon) i przetrzymuje ją w odosobnieniu. Wojsko zaoferowało jej uwolnienie, jeśli zgodzi się na opuszczenie Birmy, ale ona odmówiła, dopóki kraj nie zostanie zwrócony władzom cywilnym, a więźniowie polityczni nie zostaną uwolnieni. Narodowa Liga na rzecz Demokracji (NLD), której Suu Kyi była współzałożycielem w 1988 roku, zdobyła ponad 80 procent mandatów parlamentarnych, o które walczyły w 1990 roku, ale wyniki tych wyborów zostały zignorowane przez rząd wojskowy formalnie unieważnił wyniki wyborów z 1990 r.). Wiadomość, że Suu Kyi otrzymała Nagrodę Nobla, wywołała silne oczernianie jej przez rząd, a ponieważ nadal była przetrzymywana, jej syn, Alexander Aris, przyjął tę nagrodę w jej miejsce.
Suu Kyi została uwolniona z aresztu domowego w lipcu 1995 r., Chociaż nałożono ograniczenia na jej możliwość podróżowania poza Rangun. W następnym roku wzięła udział w kongresie partii NLD, ale rząd wojskowy nadal nękał ją i jej partię. W 1998 roku ogłosiła utworzenie komitetu przedstawicielskiego, który uznała za prawowity parlament rządzący w kraju. Michael Aris zmarł w Londynie na początku 1999 roku. Przed jego śmiercią junta wojskowa odmówiła mu wizy, aby odwiedzić Suu Kyi w Birmie, a Suu Kyi, spodziewając się, że nie będzie mogła ponownie wjechać do kraju, jeśli wyjechała, pozostała w Birmie .
Junta ponownie umieściła Suu Kyi w areszcie domowym od września 2000 do maja 2002 roku, rzekomo za złamanie ograniczeń, próbując podróżować poza Rangun. Po starciach między NLD a prorządowymi demonstrantami w 2003 r. Rząd skazał ją na areszt domowy. W związku z corocznym wznawianiem wyroku w całej społeczności międzynarodowej nadal apeluje o jej uwolnienie, aw 2009 r. Organ Narodów Zjednoczonych uznał jej zatrzymanie za niezgodne z prawem Mjanmy. W 2008 roku warunki jej aresztu domowego zostały nieco poluzowane, co umożliwiło jej otrzymanie niektórych czasopism oraz listów od jej dzieci, które mieszkały za granicą.
W maju 2009 roku, na krótko przed wydaniem ostatniego wyroku do zakończenia, Suu Kyi została aresztowana i oskarżona o złamanie warunków jej aresztu domowego po tym, jak intruz (obywatel USA) wszedł do jej domu i spędził tam dwie noce. W sierpniu została uznana za winną i skazaną na trzy lata więzienia, choć wyrok został natychmiast skrócony do 18 miesięcy i pozwolono jej odbyć ten wyrok pozostając w areszcie domowym. W chwili, gdy została przekonana, w Mjanmie i poza nią panowało powszechne przekonanie, że to ostatnie orzeczenie miało na celu uniemożliwienie Suu Kyi udziału w wielopartyjnych wyborach parlamentarnych (pierwszych od 1990 roku) zaplanowanych na 2010 rok.
To podejrzenie stało się rzeczywistością poprzez serię nowych praw wyborczych uchwalonych w marcu 2010 roku: jedna zabrania osobom fizycznym udziału w wyborach, jeśli zostały skazane za przestępstwo (tak jak w 2009 roku), a inna zdyskwalifikowała każdego, kto był (lub był ) pozostała w związku małżeńskim z cudzoziemcem ubiegającym się o urząd. Wspierając Suu Kyi, NLD odmówiło ponownej rejestracji na podstawie tych nowych przepisów (zgodnie z wymogami) i zostało rozwiązane. Partie rządowe spotkały się z niewielkim oporem w wyborach 7 listopada 2010 r. Iz łatwością zdobyły przytłaczającą większość mandatów parlamentarnych pośród powszechnych zarzutów oszustw wyborczych. Suu Kyi została zwolniona z aresztu domowego sześć dni po wyborach i przyrzekła, że będzie nadal sprzeciwiać się rządom wojskowym.