De schijnbare anarchie van vormen van de kathedraal verbergt een begrijpelijk plan van negen hoofdkapellen. De hoge toren met tentdak in het midden herbergt de gelijknamige Kerk van de voorbede van de Moeder Gods. De vier grootste koepels bevinden zich boven vier kapellen met achthoekige torens: de kerk van St. Cyprianus & Justina, kerk van de heilige drie-eenheid, kerk van het icoon van St. Nicolaas de wonderdoener en de kerk van de intrede van de Heer in Jeruzalem. Ten slotte zijn er vier kleinere kapellen ertussen. Elke kapel werd ingewijd ter ere van een gebeurtenis of veldslag in de strijd tegen Kazan.
Volgens de legende liet Ivan de architecten verblinden zodat ze nooit iets vergelijkbaars konden bouwen. Dit is echter een mythe, aangezien uit verslagen blijkt dat ze een kwart eeuw later (en vier jaar na Ivans dood) in dienst werden genomen om een extra kapel aan het gebouw toe te voegen.
De kerk van St. Vasily de Gezegend, de noordoostelijke kapel op de 1e verdieping, bevat de met baldakijn bedekte crypte van de gelijknamige heilige, een van de meest vereerde in Moskou. Vasily (Basilicum) de Gezegende stond bekend als een “heilige dwaas”, die soms naakt ging en zichzelf doelbewust vernederde voor de grotere glorie van God. Men geloofde dat hij een ziener en wondermaker was, en zelfs Ivan de Verschrikkelijke vereerde en vreesde hem. Deze 10e kapel – de enige op de begane grond – werd toegevoegd in 1588, na de dood van de heilige. Zoek naar de icoon met de heilige Vasili zelf, met het Rode Plein en het Kremlin op de achtergrond.