Martin Vail is een advocaat uit Chicago die graag in de schijnwerpers staat en alles doet wat hij kan om zijn spraakmakende cliënten vrijgesproken te krijgen op juridisch gebied. Op een dag ziet hij een nieuwsbericht over de arrestatie van Aaron Stampler, een 19-jarige misdienaar uit Kentucky met een ernstig stotteren, die wordt beschuldigd van het op brute wijze vermoorden van de geliefde aartsbisschop Rushman. Vail grijpt de kans om de jonge man te vertegenwoordigen, pro bono. Tijdens zijn ontmoetingen met Stampler in de gevangenis van County, komt Vail tot de overtuiging dat zijn cliënt onschuldig is, tot grote ergernis van Vails voormalige minnaar, officier van justitie Janet Venable.
Terwijl het proces begint, ontdekt Vail dat machtige burgerleiders, waaronder de corrupte staatsadvocaat John Shaughnessy, hebben onlangs miljoenen dollars aan investeringen in onroerend goed verloren als gevolg van een besluit van de aartsbisschop om zich niet te ontwikkelen op bepaalde gronden van de kerk. De aartsbisschop ontving in het geheim talloze doodsbedreigingen. Na een tip van een voormalige misdienaar over een videoband met Stampler, zoekt Vail het appartement van de aartsbisschop en vindt een videoband die is opgenomen door Rushman waarop te zien is dat Stampler seksueel wordt misbruikt met een andere tiener misdienaar en een tienermeisje genaamd Linda Forbes. Vail staat nu voor een dilemma: het introduceren van dit bewijs zou Stampler sympathieker maken voor de jury, maar het zou hem ook een motief voor de moord geven – dat Venable niet heeft kunnen vaststellen.
Wanneer Vail confronteert zijn cliënt en beschuldigt hem ervan gelogen te hebben, breekt Stampler het huilen af en verandert plotseling in een nieuwe persoonlijkheid: een gewelddadige sociopaat die zichzelf Roy noemt. “Roy” bekent de moord op de aartsbisschop en bedreigt Vail. Wanneer dit incident voorbij is, wordt Stampler opnieuw passief en verlegen, en lijkt hij zich geen herinnering te hebben aan de persoonlijkheidswisseling – wat hij noemt verloren tijd hebben. Molly Arrington, de psychiater die Stampler onderzoekt en die getuige was van de hele gebeurtenis, is ervan overtuigd dat hij een dissociatieve identiteitsstoornis heeft, veroorzaakt door jaren van fysiek en seksueel misbruik door zijn vader en aartsbisschop Rushman. Vail wil dit niet horen, omdat hij weet dat hij tijdens een lopend proces geen krankzinnigheidsmiddel kan voeren.
Vail zet langzaam een confrontatie op in de rechtbank door hints te geven over de misbruikneigingen van de aartsbisschop, zoals evenals de meervoudige persoonlijkheden van Stampler. Hij laat de misbruiktape ook afleveren bij Venable, wetende dat ze zal beseffen wie hem heeft gestuurd – aangezien ze onder intense druk staat van zowel Shaughnessy als haar baas Bud Yancy om koste wat het kost een schuldig vonnis af te leggen – en het zal gebruiken als bewijs van motief .
Op het hoogtepunt zet Vail Stampler in de getuigenbank en ondervraagt hem zachtjes over het seksueel misbruik dat hij door Rushman heeft geleden. Hij introduceert ook het bewijs dat Shaughnessy en Yancy bewijsmateriaal van Rushman-aanranding hadden verdoezeld. een andere jonge man. Nadat Venable hem tijdens het kruisverhoor hard ondervraagd heeft, verandert Stampler in Roy in de openbare rechtszaal en valt haar aan, dreigend haar nek te breken als iemand in zijn buurt komt. Hij wordt onderworpen door gerechtsdeurwaarders en haast zich terug naar zijn bedrijf cel. De rechter verwerpt de jury ten gunste van een bench-trial en vindt Stampler dan niet schuldig wegens waanzin, hem terugverwezen naar een maximaal beveiligde psychiatrische inrichting. Venable wordt ontslagen omdat hij de zaak verliest en omdat hij Rushmans misdaden heeft toegestaan. publiekelijk ontmaskerd.
Vail bezoekt Stampler in zijn cel om hem over het ontslag te vertellen. Stampler beweert geen herinnering te hebben aan wat er in de rechtszaal is gebeurd, omdat hij opnieuw “tijd verloren” had. Maar terwijl Vail vertrekt, vraagt Stampler hem om “Miss Venable te vertellen dat ik hoop dat haar nek in orde is”, wat hij zich niet had kunnen herinneren als hij “tijd verloren had”. Wanneer Vail hem confronteert, onthult Stampler dat hij de persoonlijkheidsstoornis had vervalst. Hij stottert niet meer en schept op over de moord op Rushman en Linda, zijn vriendin. Wanneer Vail vraagt of er ooit een “Roy” was, antwoordt Stampler dat “er nooit een” Aaron was. “” Verbijsterd en gedesillusioneerd loopt Vail weg en verlaat het gerechtsgebouw terwijl Stampler hem uit zijn cel beschimpt.